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Sanger测序服务——EST测序
表达序列标签,短的、单次(测序)阅读的cDNA序列,也包括来自于差异显示和RACE实验的cDNA序列。
服务类别:测序/合成总访问:4240
最后更新:2015-7-14半年访问:116
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Sanger测序服务——EST测序

详细描述:
EST(Expressed Sequence Tag)表达序列标签是指随机从构建的cDNA文库中挑选克隆,并进行5'端和3'端一次性测序所获得的短cDNA部分序列,一般长度为150~500bp。虽然EST只是完整基因的一部分,但是其序列长度已足以代表该基因,因此可以采用EST特异性地标记基因。目前,EST的数目比GenBank中其他核苷酸序列多,所以在EST 库中更容易搜寻到新的基因,它已被广泛地应用于基因的识别。另外,由于EST 来源于特定组织在特定环境下总mRNA所构建的cDNA文库,因此EST也能说明该组织中各基因的表达水平。

EST测序的应用 
1. 基因表达谱分析
2. SSR标记的发掘 
3. 作为构建分子标记连锁图谱所用的探针
 
基本信息分析
1. 从峰图到序列的转化,去除低质量的序列和载体序列
2. 序列拼接
3.  EST注释
4. ORF预测及分析
5. 基因注释(NR、NT数据库)  
 
高级信息分析
1. 功能蛋白分析
2. Interpro功能域分析
3. 序列属性及其对应Unigene的分析
4. COG分析
5. Pathway分析

实验周期

EST测序实验周期视具体测序量而定。基本生物信息分析:少于5000条为10个工作日左右,多于5000条为15个工作日左右。


提供结果 
1. 测序峰图及序列文件
2. 生物分析报告

 

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