高通量测序服务——细菌基因组测序
详细描述:
随着细菌基因组研究的迅速发展,全基因组测序已逐步成为微生物基础研究的重要手段之一。截至2010年11月,全世界已发布了1748个细菌基因组、61个真菌基因组和103个古细菌基因组序列。新一代高通量测序技术大大减少了基因组测序的成本和时间,让更多实验室可以开展微生物基因组测序项目。
根据不同的研究目的和测序要求,细菌基因组测序可分为四种类型:细菌基因组Scanning、细菌基因组框架图、细菌基因组精细图和细菌基因组完成图。美吉生物灵活应用Roche 454长片段测序、Illumina Solexa短片段高覆盖测序,结合454双末端测序(Paired-End Sequencing)及Solexa末端配对测序(Mate-Pair Sequencing,MP)技术,针对不同的基因组测序类型,提供专业、合理、高性价比的测序服务。
美吉优势
1. 拥有自主实验室和高通量测序平台,可以根据合作伙伴要求灵活安排实验,实验周期短,质量可靠。
2. 拥有ABI3730xl常规测序平台、Roche 454高通量测序平台和Illumina Solexa高通量测序平台,三种平台联合应用,优势互补,在微生物基因组测序中取得1+1+1>3的效果。
3. 技术人员经验丰富,每年完成数百个BAC全长测序、几十个微生物基因组测序的Gap Closing工作。
4. 拥有专业的生物信息团队和大型计算机平台,可以为合作伙伴提供个性化的生物信息分析服务。
一. 细菌基因组Scanning
细菌基因组Scanning采用Illumina 测序技术,对基因组进行50×低深度测序,根据序列组装结果,以获取基因组序列的基本信息。
二. 细菌基因组框架图
细菌基因组框架图采用Illumina短片段测序技术和末端配对测序(MP)技术,对基因组进行100×深度测序。MP测序数据用来确定Contigs之间的排列关系,结合100×测序深度,可以得到较佳的基因组拼接结果和较高的基因区覆盖度,为随后的基因组信息挖掘提供良好基础。
生物信息分析
1. 原始数据统计
2. 序列组装
3. 基因预测
4. 常规基因功能注释
三. 细菌基因组精细图
为了避免单个平台的测序偏向性以及短片段造成的基因组组装错误,细菌基因组精细图采用Roche 454长片段双末端测序技术(Paired-End)搭建基因组框架,然后进行Illumina 短片段高覆盖测序(100×),将短片段序列mapping到基因组框架中,即可获得高质量的基因组精细图。在此基础上,可以借助ABI3730xl测序平台对整个基因组或其中的某一区域进行Gap Closing。
生物信息分析
1. 原始数据统计
2. 序列组装
3. 基因预测
4. 基因功能注释
四. 细菌基因组完成图
细菌基因组完成图采用Roche 454长片段双末端测序技术(Paired-End)搭建基因组框架,然后进行Illumina 短片段高覆盖测序(100×),将短片段序列mapping到基因组框架中,获得基因组精细图,再借助ABI3730xl测序平台对整个基因组进行Gap Closing,即可得到基因组完成图。
生物信息分析
1. 基因组序列拼接
原始数据统计、基因组覆盖度计算、Contigs长度分布等。
2. 基因注释
编码基因预测,基因功能注释(NR、Swissprot、Interpro等)、Non-coding RNA注释、重复序列注释等。
3. 基因功能分类
COG功能分类、KEGG通路分析等。
4. 比较基因组及进化分析
与近源物种的基因组序列对比,进行SNP、SV等变异结构检测、pan-genome和core-genome组成分析、同源基因分析、进化分析等。
成功案例
美吉生物已成功完成细菌精细图26例和细菌完成图15例。部分完成图数据如下:
|
细菌名称 |
双歧杆菌 |
芽孢杆菌 |
某海洋菌 |
链霉菌 |
单胞菌 |
|
基因组大小 |
2.1Mb |
4Mb |
7.2Mb |
11Mb |
5Mb |
|
基因组复杂度 |
简单 |
中等 |
中等 |
高GC |
IS多,部分区域结构复杂 |
|
GC含量 |
59% |
46.6% |
34.4% |
71% |
63.9% |
|
测序方法 |
454 Single
& Sanger |
454 Single
& Sanger |
454 Paired-
End & Sanger |
454 Paired- End & Solexa |
454 Paired- End & Solexa |
|
Scaffolds(个) |
5 |
37 |
13 |
24 |
17 |
|
Contigs(个) |
5 |
37 |
82 |
125 |
47 |
|
精细图周期 |
1个月 |
1个月 |
1个月 |
1个月 |
1个月 |
|
完成图周期 |
1个月 |
1个月 |
2.5个月 |
2个月 |
3个月 |
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上海美吉生物医药科技有限公司专注于新一代DNA高通量测序技术的应用和推广、生物信息分析、临床诊断试剂盒研发和转化医学研究,是上海张江高科技园区、张江药谷重点支持企业,华东师范大学战略合作单位。目前,美吉生物在上海、北京、广州三个一线城市建立了实验基地,销售网络遍布全国各地。
美吉生物拥有世界一流的测序平台,在ABI3730xl常规测序平台的基础上,先后引进了罗氏454高通量测序平台和Illumina高通量测序平台,专业提供动植物基因组测序、微生物基因组测序、宏基因组测序、转录组测序、小RNA测序、基因表达谱分析等技术服务。
美吉生物拥有一支实力雄厚的技术团队,有从事分子生物学研究十多年、经验丰富的技术骨干,也有创新进取、拼劲十足的希望之星。技术团队经验丰富,曾参与水稻、番茄、家蚕等多项大型基因组学项目,可以为您提供专业、合理、高性价比的实验方案。
生物信息学是国际前沿的新兴学科,近年来发展迅猛。美吉生物拥有一支具有国际一流水平的生物信息分析团队,不仅可以提供标准流程化的生物信息分析,还可以根据不同的课题需求,提供个性化的深度数据挖掘。
B2B(Bench to Bedside)的转化医学模式,大大缩短了医学科学从基础研究到临床应用的时间,加速了人类进入基因组医学时代的步伐。基于对未来医学发展趋势的充分理解,美吉生物和国内多家著名三甲医院联合建立了转化医学中心,开展转化医学研究,以迎接基因组医学时代的到来。
美吉生物秉承“专业、卓越”的企业理念,“以客户为本,让客户满意”的服务宗旨,一如既往地致力于提供高品质、高效率的技术服务,努力将公司打造成为国内一流企业。因为敬业,所以专业;因为专业,所以选择;选择美吉,选择满意!