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高通量测序服务——细菌基因组测序
应用Roche 454长片段测序、Illumina Solexa短片段高覆盖测序,结合454双末端测序及Solexa末端配对测序技术,针对不同的基因组测序类型,提供专业的测序服务。
服务类别:测序/合成总访问:7423
最后更新:2015-7-14半年访问:182
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高通量测序服务——细菌基因组测序

详细描述:
随着细菌基因组研究的迅速发展,全基因组测序已逐步成为微生物基础研究的重要手段之一。截至2010年11月,全世界已发布了1748个细菌基因组、61个真菌基因组和103个古细菌基因组序列。新一代高通量测序技术大大减少了基因组测序的成本和时间,让更多实验室可以开展微生物基因组测序项目。
根据不同的研究目的和测序要求,细菌基因组测序可分为四种类型:细菌基因组Scanning、细菌基因组框架图、细菌基因组精细图和细菌基因组完成图。美吉生物灵活应用Roche 454长片段测序、Illumina Solexa短片段高覆盖测序,结合454双末端测序(Paired-End Sequencing)及Solexa末端配对测序(Mate-Pair Sequencing,MP)技术,针对不同的基因组测序类型,提供专业、合理、高性价比的测序服务。
 
美吉优势
1. 拥有自主实验室和高通量测序平台,可以根据合作伙伴要求灵活安排实验,实验周期短,质量可靠。
2. 拥有ABI3730xl常规测序平台、Roche 454高通量测序平台和Illumina Solexa高通量测序平台,三种平台联合应用,优势互补,在微生物基因组测序中取得1+1+1>3的效果。
3. 技术人员经验丰富,每年完成数百个BAC全长测序、几十个微生物基因组测序的Gap Closing工作。
4. 拥有专业的生物信息团队和大型计算机平台,可以为合作伙伴提供个性化的生物信息分析服务。
 
一. 细菌基因组Scanning
细菌基因组Scanning采用Illumina 测序技术,对基因组进行50×低深度测序,根据序列组装结果,以获取基因组序列的基本信息。
 
二. 细菌基因组框架图
细菌基因组框架图采用Illumina短片段测序技术和末端配对测序(MP)技术,对基因组进行100×深度测序。MP测序数据用来确定Contigs之间的排列关系,结合100×测序深度,可以得到较佳的基因组拼接结果和较高的基因区覆盖度,为随后的基因组信息挖掘提供良好基础。
 
生物信息分析
1. 原始数据统计
2. 序列组装
3. 基因预测
4. 常规基因功能注释
 
三.   细菌基因组精细图
为了避免单个平台的测序偏向性以及短片段造成的基因组组装错误,细菌基因组精细图采用Roche 454长片段双末端测序技术(Paired-End)搭建基因组框架,然后进行Illumina 短片段高覆盖测序(100×),将短片段序列mapping到基因组框架中,即可获得高质量的基因组精细图。在此基础上,可以借助ABI3730xl测序平台对整个基因组或其中的某一区域进行Gap Closing。
 
生物信息分析
1. 原始数据统计
2. 序列组装
3. 基因预测
4. 基因功能注释
 
四.   细菌基因组完成图
细菌基因组完成图采用Roche 454长片段双末端测序技术(Paired-End)搭建基因组框架,然后进行Illumina 短片段高覆盖测序(100×),将短片段序列mapping到基因组框架中,获得基因组精细图,再借助ABI3730xl测序平台对整个基因组进行Gap Closing,即可得到基因组完成图。
 
生物信息分析
1. 基因组序列拼接
原始数据统计、基因组覆盖度计算、Contigs长度分布等。
2. 基因注释
编码基因预测,基因功能注释(NR、Swissprot、Interpro等)、Non-coding RNA注释、重复序列注释等。
3.  基因功能分类
COG功能分类、KEGG通路分析等。
4. 比较基因组及进化分析
与近源物种的基因组序列对比,进行SNP、SV等变异结构检测、pan-genome和core-genome组成分析、同源基因分析、进化分析等。
 
成功案例
美吉生物已成功完成细菌精细图26例和细菌完成图15例。部分完成图数据如下:

细菌名称
双歧杆菌
芽孢杆菌
某海洋菌
链霉菌
单胞菌
基因组大小
2.1Mb
4Mb
7.2Mb
11Mb
5Mb
基因组复杂度
简单
中等
中等
高GC
IS多,部分区域结构复杂
GC含量
59%
46.6%
34.4%
71%
63.9%
测序方法
454 Single
& Sanger
454 Single
& Sanger
454 Paired-
End & Sanger
454 Paired- End & Solexa
454 Paired- End & Solexa
Scaffolds(个)
5
37
13
24
17
Contigs(个)
5
37
82
125
47
精细图周期
1个月
1个月
1个月
1个月
1个月
完成图周期
1个月
1个月
2.5个月
2个月
3个月

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