DNA羟甲基化芯片技术服务

DNA羟甲基化芯片技术服务
 

    DNA 羟甲基化是一种重要的表观遗传修饰，对基因的表达起调控作用，在神经分化和癌症中发挥重要的作用。这种新的DNA甲基化修饰形式—5羟甲基胞嘧啶修饰在哺乳动物细胞组织广泛存在。这种羟甲基化修饰被认为是双加氧酶家族TET通过氧化5甲基化胞嘧啶形成的。为深入了解5hmC的作用，我们就必须清楚5hmC在基因组的分布情况。然而，传统的基于重亚硫酸盐的方法无法区分5-hmC和5-mc。5-hmC单克隆抗体捕获法是研究DNA羟基化修饰的利器，结合芯片技术以及生物信息分析，可以获得全基因组羟甲基化分布图，从而能帮助我们从一个新的角度来解析胚胎发育，神经细胞分化以及癌症发生的分子机制。

    国际知名芯片公司Arraystar和罗氏-NimbleGen设计的羟甲基化DNA免疫共沉淀芯片hMeDIP-chip则为我们检测5hmC的水平提供了有效的研究工具。

 

康成生物为您提供羟甲基化芯片技术服务，可以快速便捷地确定5hmC在ncRNA和mRNA启动子区，以及其他一些重要的基因组区域的分布。您只需要提供保存完好的组织或细胞标本，康成的芯片技术服务人员就可为您完成全部实验操作，包括酶消化基因组DNA、5’羟甲基化DNA免疫共沉淀、hMeDIP与 Input DNA片段线性扩增、荧光标记、芯片杂交、图像采集和数据分析、并提供完整的实验报告。

 

 Arraystar 4x180K启动子芯片

    Arraystar 启动子芯片是为研究非编码RNA启动子区域的表观遗传修饰和转录因子结合情况而设计的产品。Arraystar分别针对mRNA，LncRNA，miRNA的启动子区域设计了不同的180K芯片产品，可以满足不同客户的需求。180 K的人、小鼠甲基化芯片，基因启动子的覆盖范围近2kb，是一款高品质高性价比的启动子芯片产品。

Arraystar RefSeq 启动子芯片产品列表

芯片名称	物种	规格	覆盖范围
Arraystar Human RefSeq Promoter Array NEW!	Human	4*180K	23,148 RefSeq promoters (-1,300 bp ~ +500 bp of TSS)
Arraystar Mouse RefSeq Promoter Array NEW!	Mouse	4*180K	22,327 RefSeq promoters (-1,300 bp ~ +500 bp of TSS)
Arraystar Rat RefSeq Promoter Array NEW!	Rat	4*180K	15,987RefSeq promoters (-1,300 bp ~ +500 bp of TSS)

 
Arraystar  ncRNA 启动子芯片产品列表

芯片名称	物种	规格	覆盖范围
Arraystar Human ncRNA Promoter Array NEW!	Human	4*180K	27,248 lncRNA promoters (-1,300 bp ~ +500 bp of TSS) + 622 miRNA promoter (-50 kb to mature miRNA)
Arraystar Mouse ncRNA Promoter Array NEW!	Mouse	4*180K	18,552 lncRNA promoters (-1,300 bp ~ +500 bp of TSS) + 346 miRNA promoter (-50 kb to mature miRNA)

 

Arraystar 癌症相关甲基化芯片
Arraystar 4 x 180K Block芯片
    Arraystar 4 x 180K Block芯片是专门为研究癌症相关的block区域而设计的产品，覆盖位于7088个block区域中的2554个蛋白编码基因、8481个长链非编码RNA、463个miRNA genes。通过这款芯片可以检测block区域中的基因和LncRNA的甲基化变化，组蛋白修饰以及转录因子结合情况。此外，结合Arraystar Block表达谱芯片，还可以了解甲基化变化与基因表达水平间的联系。

芯片名称	物种	规格	覆盖范围
Arraystar Human Block ArrayNEW!	Human	4*180K	27MB。位于7088个block区域中的2554个蛋白编码基因、8481个lncRNA、463个miRNA genes

 

 

 

 

 

 Arraystar 4 x 180K DMR芯片

    Arraystar 4 x 180K DMR芯片是专门为研究癌症相关的差异甲基化区域而设计的产品，覆盖12113个与癌症、组织及细胞分化相关的small DMRs, 以及11380个与这些small DMRs相邻的CpG岛及CpG岛岸。通过这款芯片不但可以检测癌症相关的甲基化变化，还可以了解引起这种甲基化变化的CpG岛边界漂移模式，从而更加全面直观的解析癌症甲基化组。

芯片名称	物种	规格	覆盖范围
Arraystar Human DMR Array NEW!	Human	4*180K	51MB 。12113个与癌症、组织及细胞分化相关的small DMRs, 以及11380个与这些small DMRs相邻的CpG岛及CpG岛岸

  
Roche-NimbleGen CpG promoter芯片
    单芯片设计覆盖所有UCSC注释的CpG岛和所有RefSeq数据库基因的启动子区，720K的人甲基化芯片，基因启动子的覆盖范围达3-4kb，覆盖几乎所有的CpG岛，在500bp长度的区域内可以达到2个CpG位点的灵敏度，是一款覆盖区域非常全面的芯片产品。
    至今，已有很多国内外生物学家利用NimbleGen CpG启动子芯片的研究成果发表于国际顶级期刊。

 

芯片名称	物种	规格	覆盖范围
Multiplex HG18 CpG Promoter	Human	3*720K	覆盖22,532个启动子，上游2.44kb至下游0.61kb，以及27,728 CpG islands，共30,848条转录本

康成生物羟甲基化芯片服务技术优势

*  一站式服务：客户只需要提供保存完好的组织或细胞标本，康成的芯片技术服务人员就可为您完成全部实验操作（图1）和数据分析流程，并提供完整的实验报告。

*  hMeDIP富集效果特异性佳：hMeDIP是获得准确测序数据的关键。康成在表观遗传领域有着丰富的经验，hMeDIP平台经过不断地优化，抗体富集效率高和特异性好。

*  严格的质控体系：康成生物在hMeDIP-chip每个关键步骤都加入了质控实验。这些QC数据能够评估每个步骤的实验质量。如果达不到标准，我们会重复实验步骤或者优化实验体系，使得每个样品都能够达到质控标准（图1，2）。

*  丰富的生物信息学分析：除了严谨，可靠的实验体系，康成生物还有强大的生物信息学团队，为客户提供paper级的图表和深入的数据分析服务

 

康成生物DNA羟甲基化芯片技术服务实验流程
1. 超声打断基因组
    将基因组DNA超声打断成400bp-500bpDNA片段
2. 羟甲基化DNA免疫共沉淀
    a)  加热变性并将变性后的单链DNA样品分成两份
    b)  其中一份单链DNA样品加入抗5’-羟甲基化胞嘧啶核苷抗体
    c)  用免疫磁珠法分离b步样品中5’羟甲基化DNA片段的抗体复合物，样品中其余的非甲基化DNA片段被清洗掉
    d)  纯化免疫共沉淀的DNA片段（hMeDIP）
    e）评估免疫共沉淀的富集效率
3. hMeDIP与 Input DNA片段线性扩增
    使用Sigma WGA Kit对上述两份DNA片段（hMeDIP 与 Input）进行扩增。该步骤使检测的灵敏度得到大幅度提升，用微量的检测样品就能得到精确的检测结果
4. 荧光标记
    对hMeDIP(Cy5)与Input(Cy3)样品分别进行标记
5. 芯片杂交
    标记后的hMeDIP与Input样品混合、变性，与甲基化微阵列检测芯片杂交
6. 图像采集和数据分析
    用高解析度芯片扫描仪检测杂交信号；用专业商用分析软件对杂交结果进行数据提取、标准化、峰值分析、报告
7. 提供实验报告 包括详细的实验方法和芯片实验数据和图表
    ● Scanning Image：Cy3、Cy5荧光扫描图像
    ● Raw Data：包括每个探针的荧光信号强度原始数据
    ● Probe Report：经过校正得到每个探针的log2(hMeDIP/input)值以及p-value值。
    ● log2(hMeDIP/input)值代表每个探针在hMeDIP DNA和input DNA中的相对富集强度, P-Value表示探针红绿信号差异是由非生物因素造成的概率；P-Value越低，表示该探针越有可能代表一个甲基化事件，P-Value由修正的KS检验算法计算
    ● Peaks Report：Peaks代表可能的DNA羟甲基化区域，由专业商用软件计算，报告包括可能的Peaks的染色体定位信息以及Peaks周围的基因和CpG岛的相关信息
    ● Summary Report: 提供多样本之间Peaks区域的比较以及汇总以提供参考
8. Differential Enrichment Peaks（Advanced Analysis）
    Differential Enrichment Peaks（DEP）利用重复组中多样本log2ratio的平均值分析组间差异甲基化区域，从而使得用重复样本实验数据进行甲基化结果的比较及差异甲基化区域的鉴定成为可能，这对于后续实验及分析是非常重要的

 

详细DNA羟甲基化芯片技术服务介绍请访问：http://www.kangchen.com.cn/service/Servicemain.asp?id=199

 

 

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上海康成生物工程有限公司自2002年起专注于生物科研技术服务，是国内最早一批专业提供生命科学前沿研究技术服务的高科技企业。为进一步拓展在医学科研服务领域业务的深度和广度，向多谱领域发展，重塑品牌 Aksomics（数谱生物）。Aksomics全面整合公司在非编码RNA（lncRNA、circRNA、small RNA等）、表观遗传学、蛋白组学等检测方向的核心技术，依靠自身优秀的研发、技术、营销和服务团队，凭借国际领先的技术平台和高标准的质控体系，形成了涵盖表观基因组学、转录组学、蛋白质组学及代谢组学等各个研究领域的一站式技术平台。

【表观基因组学】 DNA甲基化芯片、DNA羟甲基化芯片、染色质免疫共沉淀芯片、DNA甲基化测序、DNA羟甲基化测序、染色质免疫共沉淀测序、MeDIP-PCR、hMeDIP-PCR、ChIP-PCR等

【转录组学】LncRNA芯片、LncPath™芯片、环状RNA芯片、T-UCR芯片、microRNA芯片、piRNA芯片、全基因组表达谱芯片、RNA测序、RNA m6A甲基化测序、small RNAs测序系列（microRNA测序、tRF&tiRNA测序、snoRNA测序、piRNA测序等）、LC-MS tRNA修饰检测、 nrStar™ ncRNA PCR芯片（tRF&tiRNA，tRNA，snoRNA，Functional LncRNA）、miRStar™癌症特异性microRNA PCR芯片、NuRNATM mRNA PCR芯片、功能分类PCR芯片、LncRNA实时定量PCR、环状RNA实时定量PCR、tRF&tiRNA实时定量PCR、microRNA实时定量PCR、mRNA实时定量PCR

【蛋白组学平台】TMT标记定量蛋白组学服务、Lable-free定量蛋白组学服务、磷酸化修饰蛋白组学服务、泛素化修饰蛋白组学服务、N-糖基化修饰蛋白组学服务、乙酰化修饰蛋白组学服务、蛋白-蛋白相互作用组学

【代谢组学】靶向代谢组学、非靶向代谢组学

【外泌体组学】外泌体转录组学、外泌体蛋白质组学、外泌体代谢组学
康成生物为Agilent、Arraystar、Exiqon、Illumina、Qiagen、Thermo Fisher等国际知名品牌提供技术服务。康成客户采用各类技术服务发表的SCI论文已超560篇。康成生物将持续聚焦生命科学发展的挑战，提供有竞争力的产品和服务，持续为客户创造最大价值。

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