nrStar™ tRF&tiRNA PCR芯片技术服务

      作为一种新型的tRNA来源的非编码小RNA，tRF& tiRNA由精确调控的生物发生过程所产生，参与行使多种生物学功能: 作为microRNA参与RNA干扰；调节靶向mRNA的稳定性；在细胞应激条件下促进应激颗粒(SG)的组装；调控细胞凋亡；作为表观遗传因子在世代间传递。tRFs& tiRNA的组成和含量高度依赖于细胞类型，并且与多种病理状态密切相关。它们在生物体液中广泛存在，含量远超microRNA，使之有望成为极佳的分子标志物。
      Arraystar公司最新发布的 nrStar™ Human tRF & tiRNA PCR Array包含了185类来自权威数据库收录和最新文献报道的tRF或tiRNA，方便客户对tRF & tiRNA进行简单快捷地表达谱分析。

nrStar™ Human tRF&tiRNA PCR芯片服务列表

芯片特点
• 前沿—近年来tRF & tiRNA研究呈井喷式的增长
• 专注—专注于出现频次高、生理病理关联性强的tRF&tiRNA类群
• 严谨—每一对qPCR引物都经过精心地优化和严格地测试
• 便捷—随取随用，极致便捷；标准qPCR板型直接测样，无需预扩增

康成tRF&tiRNA PCR芯片服务实验流程
1. RNA抽提与质量检测
    进行RNA常规抽提，使用NanoDrop ND-1000检测RNA浓度和纯度，使用琼脂糖凝胶电泳检测RNA纯度和完整性。详细的样品QC结果见Arraystar服务报告。
2. 双端接头连接与cDNA合成
    每样本取1.5 μg RNA，使用rtStar™ First-Strand cDNA Synthesis Kit (3’ and 5’ adaptor) (Cat# AS-FS-003, Arraystar) 试剂盒进行接头连接和反转,合成cDNA第一链。详细步骤参照Arraystar产品操作手册。
3. Real-time PCR扩增
    将cDNA与 Arraystar SYBR Green qPCR Master Mix (Cat# AS-MR-005-5, Arraystar)混合，加入至384孔板中，在ABI 7900 PCR仪上进行Real-time PCR扩增。
4. 熔解曲线分析与原始数据导出
    PCR扩增完成后，进行熔解曲线分析，使用PCR仪自带软件导出原始数据。出具Raw Data文件夹，包含原始Ct值、PCR扩增曲线图和熔解曲线图。

康成tRF&tiRNA PCR芯片服务数据分析流程
1. PCR芯片数据质控
    质控参数：Ct(Blank)>35; Ct(GDC)>35; Ct(RNA Spike-in)<25; Ct (PPC) <25. 符合上述条件的样本进入下一步分析。数据QC结果见Arraystar服务报告。
2. 数据校正与△Ct值计算
    板间校正：使用Ct(PPC)对不同PCR板进行板间校正。
    内参校正与△Ct值计算：挑选最优内参，使用内参均值计算△Ct值。
3. 差异倍数计算 (2^(-△△Ct))
    使用 △△Ct 方法计算不同样品组之间的表达差异倍数。
4. P值计算
    对样本组进行t检验，计算P值。
5. 其他常规数据分析
    散点图分析；火山图分析；TOP20表达上调和下调tRF&tiRNA柱形图分析
6. 提供服务报告与数据分析结果
    a. Arraystar服务报告（包括RNA样本QC、qPCR数据QC和详细实验数据分析步骤）
    b. Excel芯片结果汇总表（包括tRF&tiRNA列表，数据分析结果和各类图表）
    c. Raw Data文件夹 (包含原始数据、扩增曲线图和熔解曲线图)

康成tRF&tiRNA PCR芯片服务部分数据分析结果展示
1. 差异表达tRF & tiRNA列表（默认筛选参数：差异倍数>2；P<0.05，客户可指定筛选参数值）
 

2. 散点图 (黑色斜线代表差异倍数为1，红色斜线代表差异倍数为2)

        


3. 火山图（黑色垂线代表差异倍数为1；粉色垂线代表上调或下调倍数为2；蓝色水平线代表P值为0.05）

            

4. TOP20表达上调tRF & tiRNA柱状图
 

5. TOP20表达下调tRF & tiRNA柱状图

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上海康成生物工程有限公司自2002年起专注于生物科研技术服务，是国内最早一批专业提供生命科学前沿研究技术服务的高科技企业。为进一步拓展在医学科研服务领域业务的深度和广度，向多谱领域发展，重塑品牌 Aksomics（数谱生物）。Aksomics全面整合公司在非编码RNA（lncRNA、circRNA、small RNA等）、表观遗传学、蛋白组学等检测方向的核心技术，依靠自身优秀的研发、技术、营销和服务团队，凭借国际领先的技术平台和高标准的质控体系，形成了涵盖表观基因组学、转录组学、蛋白质组学及代谢组学等各个研究领域的一站式技术平台。

【表观基因组学】 DNA甲基化芯片、DNA羟甲基化芯片、染色质免疫共沉淀芯片、DNA甲基化测序、DNA羟甲基化测序、染色质免疫共沉淀测序、MeDIP-PCR、hMeDIP-PCR、ChIP-PCR等

【转录组学】LncRNA芯片、LncPath™芯片、环状RNA芯片、T-UCR芯片、microRNA芯片、piRNA芯片、全基因组表达谱芯片、RNA测序、RNA m6A甲基化测序、small RNAs测序系列（microRNA测序、tRF&tiRNA测序、snoRNA测序、piRNA测序等）、LC-MS tRNA修饰检测、 nrStar™ ncRNA PCR芯片（tRF&tiRNA，tRNA，snoRNA，Functional LncRNA）、miRStar™癌症特异性microRNA PCR芯片、NuRNATM mRNA PCR芯片、功能分类PCR芯片、LncRNA实时定量PCR、环状RNA实时定量PCR、tRF&tiRNA实时定量PCR、microRNA实时定量PCR、mRNA实时定量PCR

【蛋白组学平台】TMT标记定量蛋白组学服务、Lable-free定量蛋白组学服务、磷酸化修饰蛋白组学服务、泛素化修饰蛋白组学服务、N-糖基化修饰蛋白组学服务、乙酰化修饰蛋白组学服务、蛋白-蛋白相互作用组学

【代谢组学】靶向代谢组学、非靶向代谢组学

【外泌体组学】外泌体转录组学、外泌体蛋白质组学、外泌体代谢组学
康成生物为Agilent、Arraystar、Exiqon、Illumina、Qiagen、Thermo Fisher等国际知名品牌提供技术服务。康成客户采用各类技术服务发表的SCI论文已超560篇。康成生物将持续聚焦生命科学发展的挑战，提供有竞争力的产品和服务，持续为客户创造最大价值。

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