English | 中文版 | 手机版 企业登录 | 个人登录 | 邮件订阅
当前位置 > 首页 > 行业资讯 > 新闻 > SBC ToolBox云平台VIP专区再添新模块GSEA数据分析

SBC ToolBox云平台VIP专区再添新模块GSEA数据分析

浏览次数:890 发布日期:2023-11-28  来源:本站 本站原创,转载请注明出处

SBC ToolBox VIP专区再添新模块—GSEAGSEA(基因集富集分析),基因在差异比较中表达的上下调与富集分析的碰撞,寻找出与差异上调或者下调密切相关的基因条目(GO、Pathway等)。与经常使用的GO、KEGG富集分析不同,GO、KEGG富集分析不考虑基因表达变化程度,GSEA把基因表达值作为考虑因素,也可以把全部表达的基因进行富集分析。一般情况下可以使用GSEA官网提供的客户端进行基因集富集分析,详细的操作步骤也可以在官网找到。SBC ToolBox使用R包进行GSEA数据分析,其具有输入数据更简洁,分析速度更快的特点。

GSEA官网链接:

https://www.gsea-msigdb.org/gsea/downloads.jsp
 

登录GSEA模块

图片

a) 可以在SBC ToolBox导航页面的VIP专区找到GSEA模块。

b) 也可以直接登录站点:

https://www4.shbiochip.com/V2023/svip/gsea/

c) 与单细胞和空间转录分析一样,此分析模块为VIP模块,请老师登录注册,审核通过后会以邮件和短信的的方式发放登录信息。

登录地址:

https://www1.shbiochip.com/sbc/regvip.jsp
 

SBC ToolBox GSEA都有什么?

a) 内嵌MSigDB九大经典数据集

i.  H: hallmark gene sets:结合手动筛选和自动化计算方法生成的50个hallmark基因集,包含了细胞组分、发育、DNA损伤、免疫、代谢、通路、增值、信号相关的基因集。

ii. C1: positional gene sets:基因位置信息基因集。

iii. C2:curated gene sets:精选数据集包含了经典通路和化学及遗传扰动相关基因集。

iv. C3:motif gene sets:转录因子,miRNA靶基因调节相关的基因集。

v. C4:computational gene sets:对癌症相关的基因芯片数据进行数据挖掘的癌症相关基因集。

vi. C5:GO gene sets:GO基因集。

vii.C6:oncogenic signatures:致癌相关特征基因集。

viii.C7:immunologic signatures:免疫相关特征基因集。

ix. C8:cell type signature gene sets:细胞类型相关特征基因集。

b) 自定义数据库

i.  感兴趣的基因集不在内嵌数据库中,可以将自有数据库上传GSEA模块进行基因集富集分析。

ii. 手搓数据集,老师自己收集组成的数据集也是支持的,但是比附符合以下格式。

iii. SBC ToolBox GSEA模块自定义数据集格式:

一共两列:第一列为基因集条目名字,第二列为数据集条目名字对应的基因集GeneSymbol名字,这里的自定义数据集仅支持.xlsx格式的文件。

图片

注意:一个基因集条目对应多个基因,多个基因集条目组成GSEA分析参考基因集。

c) 可视化

i.  对GSEA结果进行基因集条目展示。

 
SBC ToolBox GSEA怎么使用

a) 数据准备及上传

i.数据准备:.xlsx格式包含两列,第一列为GeneSymbol(该列与基因集中的GeneSymbol一致),第二列为差异倍数的log2变换。

图片

ii.数据上传:侧边栏点击MSigDb GSEA组件,直接将数据点击上传或者拖拽下面红框中,此接口为MSigDb和自定义数据集的统一数据上传接口。

图片

b)MSigDB GSEA参数调整

i.物种选择:下拉菜单栏,可供选择的为Human、Mouse及Rat三种物种。

ii.数据库选择:MSigDb数据库的九个基因集,详细内容见MSigDB九大经典数据集详解。

c)MSigDB GSEA分析及结果展示保存

i.点击提交分析按钮,程序运行,下图黑色区域小花花转圈圈,表示正在分析。 

图片

ii.完成分析,会弹出完成对话框,默认会展示两个条目的GSEA展示,及GSEA富集分析结果表格。

图片

iii.结果保存,一共可保存三项,1,GSEA富集表格。2,GSEA Top2富集条目展示,3,GSEA 结果.RDS文件,可用于可视化结果。

图片

d)自定义数据库分析

i.在下图红框中上传自定义数据集,这里不用选择物种,需要注释差异基因的GeneSymbol与基因集的GeneSymbol需要一致。

图片

ii.点击提交分析,分析过程及结果展示与MSigDb GSEA一致,可以保存自定义数据库的GSEA结果。

e)可视化,GSEA保存的.rds文件做为上传数据进行结果可视化。

图片

i.默认结果展示:

图片

ii.展示单个条目,并调整颜色,这里的条目序号与表格:

iii.调整展示类型及取消显著性

图片

iv.可视化结果详解

图片

v.与上调相关的条目展示

图片

vi.与上调相关的条目展示

图片

完成以上步骤,您的GSEA数据分析就妥妥完成了。各位老师同学赶紧开启您的SBC ToolBox云分析之旅吧!SBC ToolBox 是您科研路上的好搭档,好帮手,助您在科研道路上披荆斩棘。

相关公司:上海生物芯片有限公司
联系电话:400-100-2131
E-mail:marketing@shbiochip.com


用户名: 密码: 匿名 快速注册 忘记密码
评论只代表网友观点,不代表本站观点。 请输入验证码: 8795
Copyright(C) 1998-2024 生物器材网 电话:021-64166852;13621656896 E-mail:info@bio-equip.com