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康成生物为您提供全基因组表达谱芯片技术服务，您只需要提供保存完好的组织或细胞标本，就可为您完成全部实验操作，并提供完整实验报告。康成还提供基因网络关系分析、分子标志物筛选分析等数据挖掘服务。
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全基因组表达谱芯片技术服务
全基因组基因表达谱的检测对疾病研究有非常重要的意义。一方面，基因表达谱的检测可以应用于疾病生物标记物的筛选。另一方面，基因表达谱的检测可以为基因功能研究提供线索，有助于揭示疾病发生发展的分子机制。
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康成生物为您提供全基因组表达谱芯片技术服务，您只需要提供保存完好的组织或细胞标本，康成的芯片技术服务人员就可为您完成全部实验操作，并提供完整的实验报告。同时，根据您的研究需要，康成还提供基因网络关系分析、分子标志物筛选分析等数据挖掘服务。 |
Agilent表达谱芯片产品列表
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芯片名称 |
种属 |
格式 |
基因数 |
Database source |
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Whole human genome |
人 |
4 x 44K |
~41,000 |
Goldenpath, Ensembl, Unigene, Human Genome (Build 33), Refseq, GebBank |
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whole mouse genome |
小鼠 |
4 x 44K |
~41,000 |
USC mRNA known genes, Natl. Institute on Aging, Genbank, Unigene, Refseq, Ensembl, RIKEN |
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whole rat genome |
大鼠 |
4 x 44K |
~41,000 |
Ensembl, UCSC Goldenpath, Unigene, Refseq, Genbank |
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SurePrint G3 Human Gene Expression 8x60K v2 Microarray |
人 |
8 x 60 K |
~50,000 |
RefSeq, Ensemble, Unigene, GenBank, Broad Institute Human lincRNA and TUCP catalog |
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SurePrint G3 Mouse GE 8x60K Microarray |
小鼠 |
8 x 60 K |
~40,000 |
RefSeq, Ensembl, Unigene, GenBank, RIKEN |
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SurePrint G3 Rat GE 8x60K Microarray |
大鼠 |
8 x 60 K |
~30,000 |
RefSeq, Ensembl,Unigene, GenBank |
Agilent还提供多类物种的表达谱芯片：
动物：兔、猪、斑马鱼、果蝇等 植物：水稻、玉米、拟南芥、烟草等
微生物：大肠杆菌、酵母等
Agilent表达谱芯片特点
● 原位喷墨合成技术：原位合成的探针使得芯片平台具有极高的稳定性，喷墨合成技术可以大规模、灵活地合成探针，为客户提供最新的芯片设计。
● 60mer的长探针：与短探针相比，具有更高的信噪比、灵敏度和特异性。
● 权威公认：2006年美国FDA发表的主流芯片平台评估报告MAQC中，Agilent array 的C-V值、检测基因数目、与Taqman探针的重复性均处于国际同行业领先水平。
康成生物全基因组表达谱芯片主要实验流程
1. 样品RNA抽提：
a. 实验对象为组织样品，取适量（50-100mg）新鲜组织样品或正确保存的组织样品，使用BioPulverizerTM冰冻粉碎组织，加1ml的RNA抽提试剂TRIzol（Invitrogen），使用Mini- Bead-Beater-16匀浆后抽提RNA
b. 实验对象为细胞样品，每份样品取1×106～1×107细胞，加1ml的RNA抽提试剂TRIzol（样品为贴壁细胞，每10cm2培养皿TRIzol使用量为1ml），裂解后抽提RNA
2. RNA质量检测：
a. 使用Nanodrop测定RNA 在分光光度计260nm、280nm和230nm的吸收值，以计算浓度并评估纯度
b. 用甲醛电泳试剂进行变性琼脂糖凝胶电泳，检测RNA纯度及完整性
c. 提供RNA QC报告
注意：用于芯片检测的RNA样品，必须是高质量的，完整的，没有RNase污染（降解的样品不能用于标记和芯片检测），没有基因组污染。
3. cDNA/aRNA样品合成和标记
4. 标记效率质量检测：
使用Nanodrop检测荧光标记效率，标记效率合格以保证后续芯片实验结果的可靠性
5. 芯片杂交：
在标准条件下将标记好的探针和高密度基因组芯片进行杂交
6. 图像采集和数据分析：
使用GenePix 4000B芯片扫描仪扫描芯片的荧光强度，并将实验结果转换成数字型数据保存，使用配套软件对原始数据进行分析运算
7. 提供实验报告 包括详细的实验方法以及芯片实验数据和图表，以双色标记实验为例：
Scanning Image: Cy3、Cy5荧光扫描图像
Scatter Plot: 散点图，X轴为Control（Cy3）数据值，Y轴为Exp(Cy5)数据值，表示芯片上两通道数据总体分布集中趋势；
MA-plot: MA图，X轴为A值[log2(Exp)+log2(Control)]/2，代表点的整体信号强度，Y轴为M 值log2(Exp)－log2(Control)表示点的两通道信号差，可由MA图观察芯片数据是否存在强度依赖的系统偏移以及信号差异点的比例
Raw Data: 探针的扫描荧光信号强度原始数据
Normalized Ratio: 原始数据经过统计学方法标准化后的比值的对数，log2(Exp/ Control)
p –value: T-test统计分析显著差异表达的基因，p-value越小，该基因在两样本间差异表达越显著
Significant Up & Down Regulated Gene List: 给出Fold Change>=2，p-value<0.05的基因列表
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