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单细胞测序的原理是通过对每个单细胞的转录组进行高通量测序，来解析不同细胞之间的基因表达差异。这一技术克服了传统群体测序的局限性，能够提供细胞级别的分辨率，揭示同一群体中各个细胞的异质性。
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单细胞测序的原理是通过对每个单细胞的转录组进行高通量测序，来解析不同细胞之间的基因表达差异。这一技术克服了传统群体测序的局限性，能够提供细胞级别的分辨率，揭示同一群体中各个细胞的异质性。单细胞测序在多个领域上都具有巨大的应用潜力，比如研究发育过程中的细胞分化轨迹、肿瘤异质性、免疫细胞的多样性和基因表达调控网络等。
单细胞测序联合CRIPR文库筛选是一个重要的应用方向。在单细胞的分辨率下，通过将sgRNA与转录组情况相关联，直接建立基因扰动、其他基因表达谱和表型三者之间的关系。
艾迪基因主要提供基于10x Genomics的Chromium单细胞CRISPR筛选解决方案，可以提供从质粒文库构建、病毒文库包装、文库细胞pool构建、功能筛选实验、单细胞测序及生信等服务。除此之外，我们还能提供常规的单细胞测序服务。
▍10x Genomics的Chromium单细胞CRISPR筛选原理（Direct capture Perturb Seq ）
Direct capture PerturbSeq基于10×Gebomics公司的5′端和3′端的建库方法，开发了5′端和3′端两种检测sgRNA方案。在5′端的检测方案中，针对sgRNA后面的恒定序列设计逆转录引物，逆转录合成sgRNA序列的cDNA，sgRNA-cDNA与其他mRNA-cDNA一同与凝胶微珠上的TSO序列结合，连接上细胞条形码（Cell Barcode，CBC）和单细胞转录本独特的分子标识(unique molecular identifier，UMI)，进行建库测序。在3′端的检测方案中，凝胶微珠上具有CBC、UMI和针对恒定区中特定序列设计的反转录引物，在逆转录过程中合成sgRNA序列的cDNA，并添加TSO序列，与其他mRNA-cDNA一同建库测序。在经过测序后，获得sgRNA与cDNA文库的信息，经过生信分析得到基因扰动与基因调控网络和表型之间的关系。
Replogle, Joseph M et al. “Combinatorial single-cell CRISPR screens by direct guide RNA capture and targeted sequencing.” Nature biotechnology vol. 38,8 (2020): 954-961
▍10x Genomics的Chromium单细胞CRISPR筛选的优势
① 以单细胞的分辨率进行检测，直接建立sgRNA与其他基因表达谱和表型之间的关系。
② 相比于传统CRISPR筛选技术或单个基因编辑细胞模型，具有更高的验证效率。
③ Direct capture Perturb Seq的建库测序策略，已搭建出成熟的实验平台，获得的实验结果更为准确。
手机版：CRISPR筛选联合单细胞测序
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