基于SLAF-seq技术的遗传图谱

应用目标：
１．将多态性标记进行遗传连锁距离计算，绘制高密度遗传图谱。同时进行与性状的关联性分析，利用获得的强关联性标记进行下游的基因精细定位。
２．对基因组过大且结构复杂，全基因组De novo组装困难的物种，利用精细的遗传图谱将初步拼接得到的片段以染色体为单位组装起来，获得完整性高的全基因组精细图谱。

目前没有基因组参考序列的物种。如小麦、棉花、油菜、辣椒、鱼类、对虾、花卉、林木、烟草、药用植物等。

具有重要农艺性状的临时（如F1、F2作图群体）或永久群体（如重组自交系、近等基因系、双单倍体系、回交近交系等）群体，群体材料最好有BAC/Fosmid文库，为后期获得的标记位置关系和通过标记定位的区间内的基因做准备；

按照各个性状分离情况，挑选重要性状表现型极端差异明显个体，每个目标性状极端差异个体数量在群体内保持均衡。

项目开发方案 根据标记密度和标记测序深度等开发需求的不同，设计了3种方案，详细内容如下表所示。根据不同的研发需求可以定制个性化方案。 项目资源要求 标准解决方案 推荐解决方案 深入解决方案 群 体 需 求 亲本   2 2 2 亲本多态性   >10% >10% >10% 群体大小   50 100 200 适用群体类型   遗传分离群体（临时、永久群体均可） 性状分离   需要 需要 需要 区分个体   是 是 是 测 序 标 准 亲本标签测序深度   20x 20x 20x 个体标签平均测序深度 4x 4x 4x 总体标签测序深度   240x 440x 840x 标签个数   10,000 20,000 50,000 基于SLAF-seq技术的遗传图谱绘制方案

整体计划4个月完成高密度遗传图谱构建，具体时间规划如下表所示。根据物种的不同开发时间会稍有不同。

基于SLAF-seq技术的遗传图谱绘制技术路线示意图

百迈客生物(BioMarker)成立于2009年5月，是一家高新技术企业，公司基于功能基因组学的BT+IT(高通量基因测序技术、生物信息技术、高性能生物云计算技术)技术，拓展出了高通量测序、生物云平台、质谱检测、智能制造四大业务板块；拥有以博士和硕士为主体的研发、生产团队；公司自成立以来，注重创新发展，科研成果成果层出不穷，先后在《Nature》、《Cell》、《Nature Genetics》、《Advanced Science》、《Nature Communications》等国际著名期刊上发表高质量合作文章近千篇，累计影响因子超过4500分。拥有国家发明专利技术60余项，软件著作权近200项。公司拥有Illumina、PacBio、Nanopore、BioNano、AB SCIEIX QTRAP, Waters Q-TOF等全面的测序平台，满足科研工作者多种科研需求，努力打造基因产业国际一流企业，“为世界创造新的可能！”