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技术路线
1.基因组DNA样本制备
2.测序文库构建 基因组DNA片段化 双链DNA末端修复及3'末端加‘A' 使用特定的测序接头连接DNA片段两端 Fusion聚合酶扩增构建成PCR文库
3.DNA成簇(Cluster)扩增
4.高通量测序(Hiseq2000)
5.生物信息学分析
信息分析内容
基因组重测序是对已有参考序列的物种进行基因组测序,获得基因组图谱,在此基础上对个体或者群体样品进行差异性分析;或者对不同组织(如肿瘤)进行测序,分析体细胞突变。全基因组的重测序可以帮助客户在全基因组水平上扫描并检测与重要性状相关的基因组变异,发现单核苷酸多态性位点(SNP)、插入缺失位点(InDel)、拷贝数变异(CNV)、染色体结构变异位点(SP)等变异类型,以此寻找目标相关的生物标记,预测重要性状候选基因及进行遗传进化分析等。
送样要求
1. 植物样品:浓度≥200ng/μl,总量≥500μg,OD值应在1.8-2.0之间,样品浓度越高越好。需为黑暗无菌条件下培养的黄化苗或组培样品,最好为纯合或单倍体。 2. 动物样品:浓度≥200ng/μl,总量≥500μg,OD值介于1.8-2.0之间。应挑选肌肉、血等脂肪含量较少的组织进行取样。测序样品最好为纯合体。 3. 细菌:浓度≥200 ng/μl,总量≥50 μg;OD值介于1.8-2.0之间的细菌基因组DNA,并确保电泳检测无明显RNA条带,基因组条带清晰、完整,主带应在100 kb以上,DNA无降解,无污染。 4. 真菌:样品浓度≥200 ng/μl,总量≥50 μg,OD值介于1.8-2.0之间的DNA,样品浓度越高越好。真菌的De novo 测序获得精细图,若基因组大小介于10~45Mb之间,需提供至少100μg的DNA,若基因组大小大于45Mb,则需200 μg的DNA。 |