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质谱法定量检测组蛋白翻译后修饰（PTMs）
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质谱法定量检测组蛋白翻译后修饰（PTMs）
Mod Spec®是一种质谱分析方法，用于测定超过80种不同组蛋白修饰的相对丰度。Mod Spec®用于研究疾病响应和药物施用引起的表观变化是个不错的选择。检测得到的大量组蛋白修饰信息可帮助研究人员确定预期的表观变化，而且还能够帮助研究人员发现意想不到的变化，这可能会为研究提供更多有用且有趣的信息。
- 对表观抑制剂的响应
- 正常 VS 病变细胞
- 敲除后的细胞或动物
- 抑制剂处理后的异种移植
- 人体活检样本
项目流程简述：
将收集好的细胞或组织交给我们Active Motif，我们将完成组蛋白提取、上机样品的准备、利用Thermo Scientific TSQ Quantum Ultra三重四极杆质谱联用仪进行样品的质谱分析。所有样本一式三份，数据以易于理解的格式呈现。在样本提交后的4-6周内我们将为您交付数据。
样本要求：- 细胞量：2 – 5 百万细胞
- 组织量：25 – 100 mg
| Mod spec®可检测的组蛋白修饰 | ||
|---|---|---|
| H1.4: K25UN | H1.4: K25AC | H1.4: K25ME1 |
| H1.4: K25ME2 | H1.4: K25ME3 | ^H2A: K5UN |
| ^H2A: K5AC | ^H2A: K9UN | ^H2A: K9AC |
| ^H2A: K36UN | ^H2A: K36AC | ^H2A1: K13UN |
| ^H2A1: K13AC | ^H2A1: K15UN | ^H2A1: K15AC |
| ^H2A1: K15UB | ^H2A3: K13UN | ^H2A3: K13AC |
| ^H2A3: K15UN | ^H2A3: K15AC | ^H2A3: K15UB |
| *H3R2UN: K4UN | *H3R2UN: K4AC | *H3R2UN: K4ME1 |
| *H3R2UN: K4ME2 | *H3R2UN: K4ME3 | H3R2UN: Q5UN |
| H3R2UN: Q5ME1 | H3: K9UN | H3: K9AC |
| H3: K9ME1 | H3: K9ME2 | H3: K9ME3 |
| H3: K14UN | H3: K14AC | H3: K18UN |
| H3: K18AC | H3: K18ME1 | H3: Q19UN |
| H3: Q19ME1 | H3: K23UN | H3: K23AC |
| H3: K23ME1 | H3: R42UN | H3: R42ME2 |
| H3: R49UN | H3: R49ME2 | H3: Q55UN |
| H3: Q55ME1 | H3: K56UN | H3: K56AC |
| H3: K56ME1 | H3: K64UN | H3: K64AC |
| H3: K79UN | H3: K79AC | H3: K79ME1 |
| H3: K79ME2 | H3: K79ME3 | H3: K122UN |
| H3: K122AC | ♦H3.1: K27UN | ♦H3.1: K27AC |
| ♦H3.1: K27ME1 | ♦H3.1: K27ME2 | ♦H3.1: K27ME3 |
| ♦H3.1: K36UN | ♦H3.1: K36AC | ♦H3.1: K36ME1 |
| ♦H3.1: K36ME2 | ♦H3.1: K36ME3 | H3.3: K27UN |
| H3.3: K27AC | H3.3: K27M | H3.3: K27ME1 |
| H3.3: K27ME2 | H3.3: K27ME3 | H3.3: K36UN |
| H3.3: K36AC | H3.3: K36ME1 | H3.3: K36ME2 |
| H3.3: K36ME3 | H4: K5UN | H4: K5AC |
| H4: K8UN | H4: K8AC | H4: K12UN |
| H4: K12AC | H4: K16UN | H4: K16AC |
| H4: K20UN | H4: K20AC | H4: K20ME1 |
| H4: K20ME2 | H4: K20ME3 | |
^ 多种H2A亚型可能有贡献了H2A修饰的信号
* H3R2me2和H3K4me2/3是相互排斥的修饰。H3R2甲基化阻止H3K4甲基化。因此，H3K4修饰仅在H3R2未修饰肽上呈现。有关更多信息，请参阅 Nature. 2007 Oct 18; 449(7164):933-7.
♦ H3.2可能会显示出H3.1的信号
Mod Spec ®服务数据示例
GSK126是一种阻断EZH2甲基转移酶活性的抑制剂，导致H3K27me2和H3K27me3的整体降低。A） 从Active Motif的Mod Spec®分析中可以选择H3修饰，确认H3K27甲基化显著降低，同时乙酰化和未修饰的H3K27（以黄色突出显示）增加。还检测到H3K36的变化（以红色突出显示）。B） 选择的H4修饰对GSK126处理的反应没有显示出显著的变化。
NaB是一种通用的HDAC抑制剂，NaB处理可提高组蛋白乙酰化水平。左图 显示了选择乙酰化和未修饰组蛋白位点的Mod Spec®数据。处理后所有位点的乙酰化都增加。未经修饰的肽在某些位置有信号，这些位置并在NaB处理后显示相应的减少。B） 不同组蛋白残基的甲基化不受NaB处理的影响。
Mod Spec®️工作流程
- 从样本中提取组蛋白
- 用丙酸酐衍生化组蛋白。
- 蛋白质的质谱分析需要在注入质谱仪之前将蛋白质消化成短肽。然而，如果肽太小，它们不能在LC步骤中分离，如果太大，它们太复杂，无法分析。最常见的消化方法是胰蛋白酶，这是一种在赖氨酸和精氨酸残基处分解蛋白质的酶。但这在分析组蛋白时是一个问题，因为组蛋白尾部富含赖氨酸，导致消化的肽太小。使用丙酸酐的丙酰化可以阻止赖氨酸的裂解，同时允许精氨酸的消化。所得肽的大小适合质谱分析。
- 组蛋白被胰蛋白酶消化。
- 样品在三重四极杆质谱仪上进行分析。
- 筛选适当分子量的肽。
- 肽在碰撞室中进一步碎裂
- 选择感兴趣的肽片段并通过质谱分析
- 对碎片进行分析并绘制图表，以显示样本之间的变化。
