ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing) 是2013年由斯坦福大学William J. Greenleaf和Howard Y. Chang实验室开发的用于研究染色质可及性(通常也理解为染色质的开放性)的方法, 原理是通过转座酶Tn5容易结合在开放染色质的特性,然后对Tn5酶捕获到的DNA序列进行测序。这些开放的区域代表基因组上的转录活跃区域。
单细胞ATAC-seq基于转座酶介导的测序引物插入开放的染色质区域。像普通的ATAC-Seq一样,该测定法提供了染色质开放和可及区域的轮廓。这些轮廓指示了单细胞分辨率下的活跃调控区域。
我们的scATAC-Seq服务可以同时检测数千个细胞的全基因组染色质可及性,从而可以检测异种群体中的细胞亚群,这种细胞亚群的信息会在普通ATAC-Seq中丢失。
ATAC-Seq能解决什么问题 ?
- 获取疾病或处理后基因调控,细胞反应的机制。
- 鉴定与细胞,疾病或反应相关的转录因子。
- 基于ATAC-Seq数据对不同疾病或样本组进行分类。
- 某些情况下可作为ChIP-Seq替代方案。如:不确定表观机制是否参与调控,不确定具体是哪一个组蛋白修饰参与调控,细胞数量受限。
bio-equip.com
Active Motif 是一家致力于研发和生产细胞核分子生物学和表观遗传学研究用试剂和仪器的公司,也是世界上最大的转录因子试剂生产商和CHIP-seq外包服务供应商。 公司的产品包括表观遗传学相关抗体、CHIP级别抗体、重组识别子和催化酶、预甲基化修饰的重组组蛋白、多聚核小体和生物素标记核小体;以及各类染色质分析、转录因子表达调控分析和DNA甲基化分析的试剂盒等。 公司仪器包括新一代一体式高通量多样本超声样本处理仪PIXUL。PIXUL 超声仪具有如下特点: •高质量: 打断效果高度均一,重复性好 •高效: 30分钟可处理1-96个样本 •灵活: 同一块96孔板可同时运行12种不同的超声参数 •简便: 一体式设计,触屏操作,安装调试及参数设置极为简便 •运行成本低: 开放式耗材供应,无需昂贵特制的96孔板 除此之外,Active Motif还为研究者提供专业的表观遗传学服务,特别是CHIP-seq的外包服务。 Active Motif 是一家致力于研发和生产细胞核分子生物学和表观遗传学研究用试剂和仪器的公司,也是世界上最大的转录因子试剂生产商和CHIP-seq外包服务供应商。 Active Motif总部位于美国南加州的Carlsbad 市。在比利时,日本和中国设有子公司。中国子公司是“上海艾跃生物科技有限公司”,总部设在上海,含销售,生产和服务三个部门。