表达谱芯片服务

 一、Agilent表达谱芯片
基因表达谱芯片是最早实现从高通量的角度检测全基因组差异基因表达的平台。为方便广大科研工作者转录组基因表达筛选分析，中科普瑞引进Agilent表达谱芯片检测平台，为您的转录组mRNA检测和分析提供全方位的服务。在美国FDA组织的MAQC中，作为众多参与该计划的芯片制造商之一，Agilent的表达谱芯片产品无论从检出率，芯片的跨平台比较，数据重复性，平均CV，还是与qPCR的一致性等方面，均表现出卓越的性能。

Agilent表达谱芯片特点

• 独特的喷墨原位合成技术；
• 探针长度60 mer，同时兼顾较高的灵敏性和特异性；
• 由于探针设计较长，芯片检出率高，有利于捕捉对生命活动有更重要意义的低丰度基因；
• 芯片随信息库及时更新，基因信息更新更全，可不断升级到高级芯片版本；
• 灵活的定制方案，客户可任意制作自己的芯片，仅需基因组或EST序列；
• 平均CV＜10% (MAQC: Nature Biotechnology Sept, 2006）；
• 芯片具有良好的可重复性，相关系数R2＞0.95 (MAQC)；
• 芯片数据结果与qPCR数据结果具有良好的相关性，相关系数R2＞0.9 (MAQC)。

Agilent表达谱芯片类型及参数

其它物种表达谱芯片或定制芯片
拟南芥、玉米、水稻、烟草、牛、鸡、狗、马、猪、羊、兔、猴、蛙、三文鱼、斑马鱼、线虫、蚊子、果蝇、酵母、大肠杆菌、稻瘟菌（更多物种或需要定制请咨询销售人员）
样品要求（非FFPE样本）
        1. 样品纯度：OD 260/280值应在1.9～2.2 之间；DNA 应该去除干净；
        2. 样本完整性：Agilent 2100 RIN≥ 7，且28S/18S≥ 0.7；
        3. 样品浓度：低浓度不低于100ng/µl；
        4. 样品总量：每个样品总量不少于2µg；
        5. 样品溶剂：要溶解在RNase-free H20或RNase-free TE (pH 8.0)中；
        6. 样品运输：RNA用冻存管保存，并用干冰或液氮运输。
Agilent表达谱芯片数据分析 



 

基础分析
1. 原始数据处理分析	1）数据归一化
	2）箱线图
	3）样本聚类图
	4）样本相关性分析
	5）主成份分析 (PCA)
2. 差异基因筛选	1）表达差异基因筛选
	2）散点图
	3）火山图
	4）差异基因层级聚类热图
3.   差异mRNA功能分析（GO/KEGG）

Agilent表达谱芯片数据分析展示

1. 原始数据处理分析
2. 差异基因筛选                              

 

1. 差异mRNA功能分析（GO/KEGG）

                               
 

1. 信号通路调控网络构建（Pathway-Network
   Pathway-Network


2. 基因相互作用网络图
   基因相互作用网络图


3. 转录因子分析及网络构建
4. motif分析，从而推测差异基因中有哪些基因可能直接受该转录因子调节。最后结果会用统计学方法进行检验，找到调控目标生物性状，统计学上有显著差别的转录因子。找到差异的转录因子及其调控的靶基因，我们可以构建TF-network，从中得出关键的转录因子及被关键转录因子转录调控的基因，系统的研究转录因子与基因的调控关系。

转录因子网络构建
 

1. 共表达网络构建(Coexpression Network)
2. Coexpression Network）是根据基因表达信号值的动态变化，计算基因间的共表达关系，得到基因间的表达调控关系及调控方向，从而构建基因的表达调控网络。利用共表达网络图，研究者可通过分析基因调控能力，获得样本随实验变化的核心调控基因。
3. 3个或3个以上生物学重复
4. 时间序列的共表达网络
   
5. 分子建模预测(MAKER 预测)

MAKER 预测
二、中科普瑞基因芯片服务平台
高标准 — 拥有15年以上科技服务实验和分析技术经验的团队成员以GLP-like质量管理体系为您的基因芯片服务体系全线保驾护航。
高效率 — 样品质检合格后，15个工作日出具结果报告，专属生物信息和技术支持服务人员为您提供在线结果咨询和解释服务。
高质量 — 符合3大基因芯片厂商质量要求的服务质量体系，项目质量管理专员负责对您的项目全程跟踪和质控。

 

深圳中科普瑞基因科技有限公司，由基因科技领域的老兵组成的新军。企业创始人与核心骨干团队均从事该行业15年以上，目前着力布局基因检测的临床应用开发与科研技术服务平台。

中科普瑞下设全资子公司上海鲸舟基因科技有限公司/上海鲸舟医学检验所；立足新一代测序及其衍生技术，以医学生物信息学为核心，以各联合创始人在生物技术领域十余年工作和技术积累为资源依托，提供覆盖肿瘤等重大疾病风险评估，早期筛查，分子病理诊断，用药指导和预后预测，甲基化研究和应用、新型病原微生物感染和耐药的基因组检测等符合临床需求的解决方案，同时通过资本的纽带连接，打通上下游产业链，为精准医疗打造全方位医学诊断和服务平台，公司的中长期发展策略为医学大数据挖掘和人工智能的临床辅助诊断应用，公司的愿景是为每一个病患打造精准医疗路线图，为每一个健康人描绘基因风险预测全景，携带你的基因去远行！

公司以深圳及上海两地实验室为依托，目前已诚意推出两大品牌产品：分别为面向大众健康服务的“轻基因LightGenes”及针对临床诊疗服务的“普瑞昂科PrecisionOnco”，向国内外生物医学领域提供肿瘤等疾病用药指导及预后预测基因检测、重大疾病遗传风险评估、及符合临床需求的解决方案。