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采用二代测序与三代测序相结合的策略,快速完成细菌基因组完成图的绘制。
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细菌基因组测序主要针对无参考序列的物种进行测序,样品基因组测序后从头开始组装。根据物种本身的特点和测序深度的不同,最终的组装结果会存在一定的差异。对于细菌样品,最高可组装成一条完整的序列。根据组装结果,可预测细菌基因组中包含的基因,通过功能数据库比对可得到基因的功能注释信息。在病原菌的致病性、疾病的预防和治疗等方面有广泛的应用。
根据不同的研究目的与需求,以及不同的组装程度需求,细菌基因组测序提供以下两种产品类型:细菌框架图、细菌完成图。
生物信息分析内容
1、数据质控
2、Denovo组装
3、基因组组分分析(基因岛、重复序列、非编码RNA、基因预测、CRISPR、前噬菌体)
4、基因功能注释(COG、KEGG、NR、GO、Swiss-prot)
5、致病性分析(分泌蛋白预测、PHI、VFDB、ARDB、CAZy)
6、比较基因组分析(共线性分析、Core-pan分析、进化分析)
技术参数
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产品类型 |
测序平台 |
建库策略 |
测序策略 |
指标 |
项目周期 |
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细菌框架图 |
HiSeq PE150 |
小片段文库(350bp) |
≥200X
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初级组装 |
30个工作日 |
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细菌完成图 |
PacBio为主,与HiSeq等其他平台结合 |
小片段文库(350bp)+ 大片段文库(10K) |
小片段文库(350bp)≥100X 大片段文库(10K)≥100X |
1 contig, 0 gap |
60个工作日 |
样本类型:基因组DNA
样本要求:
DNA小片段文库:总量≥2 μg,浓度≥50 ng/μL
DNA大片段文库:总量≥30 μg,浓度≥100 ng/μL
其他要求:DNA无降解,无RNA 、蛋白质等杂带污染
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