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细菌基因组测序服务
采用二代测序与三代测序相结合的策略,快速完成细菌基因组完成图的绘制。
服务类别:测序/合成总访问:1372
最后更新:2017-3-13半年访问:57
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细菌基因组测序主要针对无参考序列的物种进行测序,样品基因组测序后从头开始组装。根据物种本身的特点和测序深度的不同,最终的组装结果会存在一定的差异。对于细菌样品,最高可组装成一条完整的序列。根据组装结果,可预测细菌基因组中包含的基因,通过功能数据库比对可得到基因的功能注释信息。在病原菌的致病性、疾病的预防和治疗等方面有广泛的应用。

根据不同的研究目的与需求,以及不同的组装程度需求,细菌基因组测序提供以下两种产品类型:细菌框架图、细菌完成图。

 

生物信息分析内容

1、数据质控

2、Denovo组装

3、基因组组分分析(基因岛、重复序列、非编码RNA、基因预测、CRISPR、前噬菌体)

4、基因功能注释(COG、KEGG、NR、GO、Swiss-prot)

5、致病性分析(分泌蛋白预测、PHI、VFDB、ARDB、CAZy)

6、比较基因组分析(共线性分析、Core-pan分析、进化分析)

 

技术参数

产品类型

测序平台

建库策略

测序策略

指标

项目周期

细菌框架图

HiSeq PE150

小片段文库(350bp)

≥200X

 

初级组装

30个工作日

细菌完成图

PacBio为主,与HiSeq等其他平台结合

小片段文库(350bp)+

大片段文库(10K)

小片段文库(350bp)≥100X

大片段文库(10K)≥100X

1 contig,

0 gap

60个工作日

 
 
送样要求

样本类型:基因组DNA

样本要求:

DNA小片段文库:总量≥2 μg,浓度≥50 ng/μL

DNA大片段文库:总量≥30 μg,浓度≥100 ng/μL

其他要求:DNA无降解,无RNA 、蛋白质等杂带污染

 

深圳承启生物科技有限公司

电话:0755-26413091

QQ业务咨询:2796053217

网址:http://www.chi-biotech.com

邮箱:service@chi-biotech.com

地址:深圳市南山区泰邦科技大厦15C

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