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MeDIP-Seq及分析
MeDIP-Seq是基于免疫富集原理进行的全基因组DNA甲基化研究方法,它是通过将基因组中的DNA甲基化区域富集后进行二代高通量测序,从而检测基因组上高CpG区域的甲基化位点。
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最后更新:2015-7-14半年访问:103
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  • 服务介绍
  • 公司简介
    MeDIP-Seq是基于免疫富集原理进行的全基因组DNA甲基化研究方法,它是通过5'-甲基胞嘧啶(5mC)抗体将基因组中的DNA甲基化区域富集后进行二代高通量测序,从而检测基因组上高CpG区域的甲基化位点。研究者通过MeDIP-Seq技术可以快速准确地寻找样品间相对DNA甲基化差异区域,进行不同细胞、组织及疾病样本间的DNA甲基化修饰模式的差异分析,并可对发现的靶点区进行甲基化特异性PCR验证,特别适用于大样本量的疾病表观研究。该方法可以高效、经济地比较大样本量细胞、组织等样品间的相对甲基化差异,且成本较低,适合多样品DNA表观遗传学的研究。

技术优势

★ 高性价比:通过抗体富集高甲基化区域进行测序,有效降低项目成本
★ 精确度高:基因组位点定位精确性可达±50bp
★ 可靠性高:直接对富集的甲基化片段进行测序和定量,无交叉反应和背景噪音。
★ 周期短:相比于Bisulfite sequencing技术,能够快速比较样本间的相对甲基化差异。
★ 
可重复性高

技术路线

生物信息分析流程

研究内容

l 标准信息分析

1. 测序数据质量评估与过滤(去接头污染、去低质量reads等)

2. 测序数据与参考基因组序列的比对

3. MeDIP测序数据的全基因组分布趋势

3.1 测序数据在每条染色体上的分布

3.2 测序数据在全基因组上的覆盖深度

3.3 测序数据在不同CpG密度区域中的分布

3.4 测序数据在不同功能元件上的分布

3.5 测序数据在不同GC含量区域的分布

4. 测序数据的Genome Browser可视化

5. 测序数据富集区域(Peak)统计分析

6. 基于Peak的差异甲基化基因的功能分析

l 高级信息分析

1. MeDIP与小RNA联合分析

2. MeDIP与mRNA表达数据联合分析

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