链特异性转录组是研究有参考基因组物种转录组的一种有效手段。相对于传统转录组测序而言,链特异性转录组测序可以确定两条链的转录方向性,为基因的进一步注释和功能分析提供更准确的信息,同时还可以挖掘转录组中的non-coding RNA信息。原核生物链特异性转录组项目中,可以挖掘新的ncRNA与反义(antisense)转录本;还可以进行基因结构的研究,例如操纵子鉴定,为基因网络调控的研究提供有力支持。本产品推荐选用Illumina测序平台。
研究内容
1)链特异性表达丰度分析
使用链特异性建库测序方法,可以将比对到参考基因组上的reads按照正反义链进行区分,计算正反义链上的reads丰度,从而获得更加准确的基因丰度信息。
2)non-coding RNA分析
non-coding RNA是指不编码蛋白质的RNA,除了我们熟知的rRNA,tRNA,snRNA,snoRNA等多种已知功能的RNA外,还广泛存在许多起调控作用的ncRNA。这些调控RNA主要分为3大类:5‘UTR、trans-encoded small RNAs(sRNA)以及cis-encoded antisense RNAs (asRNAs)(示意图如下)。 这些ncRNA通过多种途径,包括mRNA降解、翻译抑制、转录抑制及转录稳定等来调控基因的表达,在生物适应不同的自然环境中发挥重要的调控作用。
3)操纵子分析(仅限原核生物链特异性转录组分析)
在原核生物的基因组中很多功能相关的基因前后相连成串,由一个共同的控制区进行转录调控,这样的基因结构称为操纵子(operon)。操纵子一般由启动基因、操纵基因和一系列紧密连锁的功能基因组成。
4)基因结构分析(仅限模式生物链特异性转录组分析)
模式生物已经有完整的基因注释信息,但是实际科学研究中个体存在差异。利用链特异性转录组测序可以对个体表达基因的结构进行深度研究。
5)GO、KEGG和COG注释
6)差异表达分析包括GO和Pathway富集分析
技术指标
组织样品
动物组织:> 2g;
植物组织:> 4g;
培养细胞:> 1×107 个;
血液样品:≥ 2ml。
原核生物RNA
请提供浓度≥200ng/μL,总量≥10μg的RNA(单次建库用量为5μg);
OD 260/280介于1.8 ~2.2之间,OD260/230≥2.0,RIN≥6.5,23S:16S ≥1.0,确保RNA无降解;
送样时请标记清楚样品编号,管口使用Parafilm膜密封;
样品保存期间切忌反复冻融;
送样时请使用干冰运输。
真核生物RNA
请提供浓度≥200ng/μL,总量≥10μg的RNA(单次建库用量为5μg);
OD260/280介于1.8~2.2之间,OD260/230≥2.0,RIN≥6.5,28S:18S ≥1.0,确保RNA无降解;
送样时请标记清楚样品编号,管口使用Parafilm膜密封;
样品保存期间切忌反复冻融;
送样时请使用干冰运输。