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Small RNA测序
原始数据整理、过滤及质量评估,小RNA的注释,microRNA分析
服务类别:测序/合成总访问:1081
最后更新:2013-9-3半年访问:51
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 Small RNA测序

简介:Small RNA是一类高度保守的长度在18-30 nt的RNA分子,主要包括miRNA、siRNA、piRNA。Small RNA在细胞的生长、发育、代谢等基础生物学过程中扮演着重要的角色,甚至在癌症等相关疾病形成过程中起着关键的作用。高通量测序技术可以对样本中所有Small RNA家族进行测序和表达定量,从而解析miRNA、siRNA、piRNA、其它非编码RNA以及相应的靶基因序列。

 

一、技术路线

 

推荐平台:Illumina MiSeq

 

 

二、信息分析

1.原始数据整理、过滤及质量评估

 

2.小RNA的注释:

 小RNA定位到基因组

 其它序列(tRNA、rRNA、intron、exon、snoRNA、snRNA)注释

 microRNA注释

  piRNA注释

  

3.microRNA分析:

 microRNA的表达量分析

 microRNA的表达量差异分析

 microRNA表达模式聚类分析(热图)

 microRNA保守性分析

 靶基因预测

 网络分析(靶基因互作网络)

 新microRNA预测 

 

4.根据客户需求进行个性化分析

 

 

三、送样要求

1、 总RNA:浓度≥750 ng/μl,总量≥20 μg;OD 260/280介于1.8-2.2之间,OD 260/230值应≥2.0。电泳检测28S:18S至少大于1.5;RIN值≥8.0;并确保RNA无降解,无污染。或者提供浓度≥20 ng/μl,总量≥200 ng的 Small RNA样品。同时提供Small RNA样品QC数据,包括电泳图、分光光度或Nanodrop仪器检测数据。

 

2、 提取总RNA时,请避免使用过柱法和LiCl沉淀法,以避免Small RNA的丢失。

 

3、 样品保存期间切忌反复冻融。

 

四、派森诺优势

派森诺生物利用Illumina MiSeq/HiSeq两大测序平台提供优质的Small RNA测序服务。其中IlluminaMiSeq平台具有测序周期短(1×35 bp模式的测序时间仅8小时)、分辨率高、精确度高、重复性好等优点。Illumina HiSeq平台具有费用低廉、通量高等优点,为Small RNA分子的发现和研究提供了极高的覆盖深度,能够检测丰度极低的稀有Small  RNA。

 

派森诺生物将根据合作伙伴的实际需要,选择合适的测序平台为您提供个性化的高品质Small RNA测序服务。凭借经验丰富的测序团队、专业的信息分析人员和全面的技术支持,能在第一时间为您提供实验方案,解决实验问题,分析实验结果。

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