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动植物基因组重测序
派森诺生物拥有多个高端测序平台,根据合作伙伴的实际需求,提供高性价比的动植物基因组重测序。
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最后更新:2013-9-3半年访问:61
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动植物基因组重测序
简介:基因组重测序是对已知基因组序列物种的个体进行基因组测序,并在此基础上对个体或群体进行比较基因组学分析。通过全基因组重测序可以找到大量的单核苷酸多态性位点(SNPs)、拷贝数变异(Copy Number Variation,CNV)、插入缺失(InDel)、结构变异(Structure Variation,SV)等变异信息,广泛应用于群体遗传学、临床医药、动植物分子育种等众多领域。

 

一、技术路线

  

推荐平台:Illumina HiSeq 2000、Illumina MiSeq

 

 

二、信息分析

1.原始数据整理、过滤及质量评估

 

2.基因组序列拼装与分析:

 与参考基因组比对

 SNPs和InDel检测及在基因组的分布

 CNV和SV检测及在基因组的分布

 包含变异基因的KOG和GO富集分析

 包含变异基因的代谢途径分析(KEGG pathway)

  

3.根据客户需求进行个性化分析

 

 

三、送样要求

1、 DNA样品:浓度≥100 ng/μl,总量≥50 μg,OD260/280值应在1.8-2.0之间,电泳检测无明显RNA条带,基因组条带清晰、完整,主带应在100 kb以上。若样品中有多糖、糖蛋白的残留, 对打断DNA样品带来非常大的困难,且很难去除,因此特别要求所提供的样品一定要将多糖或糖蛋白去除干净。
  

2、 动物样品:对于一般物种应挑选肝脏、肾脏、血液等组织取样,对于珍贵物种请提供耳样、毛发(带毛根)等脂肪含量较少的组织进行取样。为了减少个体差异对后续拼接产生的影响,尽量从同一个个体中取样。若物种体积较小,从一个个体中提取的DNA量不能满足测序实验所需,在保证量的前提下,应尽量减少采样个体的数量。  

 

3、 植物样品:  植物材料应尽量选取植物组织幼嫩部位。  

 

四、派森诺优势

Illumina HiSeq 2000测序通量可达600G,适合全基因组测序。80×以上的测序深度,可以保证数据的准确以及SNP的发现。Illumina MiSeq的速度更快,但相对来说成本会较高。

 

派森诺生物拥有多个高端测序平台,根据合作伙伴的实际需求,提供高性价比的动植物基因组重测序。 

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