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针对各种基因组搭配出最合适的测序流程
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动植物基因组de novo测序的主要策略：一是对短片段Shotgun文库（300-1000 bp）进行深度测序，确保序列覆盖度和测序准确性，获得基因组基本序列信息；二是构建较长插入片度的mate pair文库（3kb、8 kb、10 kb、20 kb）并测序，确定短片段序列间的相对位置，通过拼接组装获得基因组序列框架；三是通过PCR扩增技术获得序列间断开部分（gap）DNA片段并进行一代测序，从而获得完整基因组序列。在此基础上通过生物信息学方法进行基因注释和分析。
推荐平台：Roche 454 FLX+数据为主，结合Illumina HiSeq 2000和ABI 3730XL 数据。
1.原始数据整理、过滤及质量评估
2.基因组序列拼装与分析：
基因组序列拼装
基因组拼装效果评估 (contig N50、scaffold N50、genome size and GC% )
比较基因组分析（进化速率分析、亲缘关系分析、SNPs、CNV、共线性以及重复片段分析）
蛋白编码基因预测
非编码 RNA预测
蛋白编码基因的功能注释
蛋白编码基因的KOG和 GO 注释
蛋白编码基因的代谢途径注释（KEGG pathway）
4.根据客户需求进行个性化分析
1、 DNA样品：浓度≥200 ng/μl，总量≥500 μg，OD260/280值应在1.8-2.0之间，电泳检测无明显RNA条带，基因组条带清晰、完整，主带应在100 kb以上。若样品中有多糖、糖蛋白的残留， 对打断DNA样品带来非常大的困难，且很难去除，因此特别要求所提供的样品一定要将多糖或糖蛋白去除干净。
2、 动物样品：样品最好来自纯系，对于一般物种应挑选肝脏、肾脏、血液等组织取样，对于珍贵物种请提供耳样、毛发（带毛根）等脂肪含量较少的组织进行取样。为了减少个体差异对后续拼接产生的影响，尽量从同一个个体中取样。若物种体积较小，从一个个体中提取的DNA量不能满足测序实验所需，在保证量的前提下，应尽量减少采样个体的数量。
3、 植物样品：样品最好来自纯合体或单倍体。需为黑暗无菌条件下培养的黄化苗或组织样品。
派森诺生物拥有多个先进的测序平台，根据合作伙伴的具体需求，设计最佳的实验方案，提供最高效的全基因组de novo测序服务。Roche 454 FLX+具有长读长的特点，适合动植物的全基因组测序，结合Illumina和ABI 3730测序平台，能够针对各种基因组搭配出最合适的测序流程。
派森诺生物拥有经验丰富的技术人员以及成熟的数据处理和信息分析系统，能在第一时间提供专业、合理、高性价比的测序服务。
案例：
动物基因组测序
