Blue Pippin片段筛选回收仪助力ATAC‑seq解析Ovo调控卵巢piRNA通路
Transcriptional regulation of the piRNA pathway by Ovo in animal ovarian germ cells
动物卵巢生殖细胞中 Ovo 对 piRNA 通路的转录调控
piRNA 通过抑制转座子活性，保障雌雄生殖细胞正常发育。在哺乳动物雄性生殖细胞中，转录因子 A-MYB 介导睾丸 piRNA 通路激活。但雌性卵巢中，启动生殖细胞 piRNA 程序的核心调控因子尚不明确。
果蝇卵巢是研究 piRNA 通路的经典模型，本文基于果蝇模型，整合多种高通量多组学测序技术进行系统筛选，首次鉴定出 Ovo 这一核心调控蛋白——其在雌性卵巢中的功能对应于雄性生殖细胞中的 A-MYB。
研究方法1. 单细胞测序筛选卵巢核心调控蛋白；
2. 细胞功能实验验证 Ovo 激活作用；
3. 多组学测序解析分子调控机制；
4. 基因敲低验证上下游调控关系；
5. 跨物种分析验证演化保守特征。
ATAC-seq 依据 DNA 片段长度特征反映染色质开放状态。Tn5 转座处理后，样本有大量非特异性 DNA 片段，影响信号识别与数据分析准确度。如<100 bp 片段大多为无核小体的游离 DNA，>600 bp 的多聚核小体大片段、基因组长片段杂质、PCR 过度扩增产物等。因此，本研究在建库流程中，使用 Sage Science 公司 Blue Pippin 全自动 DNA 片段筛选系统对文库进行精准分选，特异性富集100–600 bp 的 ATAC-seq 有效目的片段。
相较于传统磁珠粗分选与人工切胶筛选，Blue Pippin 全自动核酸片段筛选具有区间精准可控的优势，可有效剔除引物二聚体、无效短片段与超长非特异扩增产物，并富集核小体层级特征片段。设备无人工误差、无核酸染料损伤、批次稳定性强，可提升染色质开放区域的信号精度，适配 ATAC-seq 对精细建库、高精准染色质可及性分析要求。
核心结论Ovo 是果蝇卵巢 piRNA 通路的核心共表达转录因子。L(3)mbt-Lint-O 复合物通过抑制 Ovo，实现体细胞 piRNA 通路沉默。Ovo 家族和 MYB 家族蛋白虽结构差异显著，却能识别同一个 CCGTTA DNA 元件，分别管控雌、雄性腺 piRNA 系统。
原文链接
https://www.repository.cam.ac.uk/items/f41d3946-c9b2-4421-8e83-771e1060f913/full
Blue Pippin 全自动DNA核酸片段筛选回收仪
Blue Pippin 全自动DNA脉冲场电泳回收仪
回收范围：100bp－基因组DNA
厂家介绍：
Sage Science 公司位于美国马萨诸塞州，2010年成立，专注于核酸领域的样品制备，已在2万篇文献中应用，包括众多 Nature、Science、Cell 系列的文章，是 DNA 片段筛选回收领域的行业金标准。
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全自动回收：采用双通道电泳回收专利技术，回收过程全自动运行；
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精准回收：精确度高达93-99%，远高于手工切胶和 DNA 片段分选磁珠的方法
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微量回收：低起始量，低至 ng 级，控制时间回收，不直接检测样品
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高回收率：50-80% 的高回收得率
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省时间：5 分钟的手工操作时间，无需额外制胶和切胶
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全自动完成 DNA 片段分选，软件中自由选择需要筛选的片段范围，免去了切胶纯化的繁琐步骤，比核酸片段筛选磁珠更加精准可控；
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用于 DNA 常规分子生物学，有效地去除 PCR 引物二聚体、非特异性片段等，去除酶切产物中非目标 DNA 条带；
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用于小片段 DNA 筛选回收（DNA Size Selection），如小 RNA/small RNA文库回收、cfDNA／ctDNA 循环血游离 DNA／循环血肿瘤 DNA 测序文库、ddRAD-seq 双酶切简化基因组测序文库、16S 文库微生物测序文库回收、ChIP-seq 文库、MeDIP-seq / hMeDIP-seq 甲基化 DNA 免疫沉淀片段测序文库、ATAC-seq 转座酶可及染色质高通量测序文库、遗传病 panel 扩增子文库等各种复杂样本的处理，提高测序数据质量；
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用于大片段 DNA（几kb、几十kb 甚至几百 kb）精准回收，如 PacBio HiFi 文库构建、纳米孔测序建库、超长测序（Ultra-Long Sequencing）文库构建等，精准彻底去除小片段 DNA，提高测序质量，降低测序成本；
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低起始量样品的精准浓缩回收：血浆/血清 cfDNA/ctDNA，微量细胞/单细胞，空气/冰川/岩石样本，低丰度病原体等；
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降解样本的精准浓缩回收：FFPE（石蜡切片）、古DNA、腐烂样本、RNA样本等；
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背景极高的复杂样品的精准筛选回收：废水、土壤、腐殖质、粪便、肠道内容物、痰液、脓液、临床拭子、血液、脑脊液、共生微生物、食品微生物等
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参数 |
详情 |
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分离范围 |
100 bp–基因组DNA |
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单孔最大上样量 |
10μg |
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电场模式 |
直流高压 / 低压、脉冲场交变电场 |
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回收模式 |
窄范围回收、宽范围回收、High Pass 大片段回收、Range+T 回收 |
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回收方式 |
自动化回收 |
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准确率 |
设定值 ±2%（501-600 bp） |
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重复性 |
99%（501-600 bp） |
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大片段准确率 |
30-40 kb 范围＞90% |
环亚生物：为科研提供“全链条”支持
环亚生物科技（APG BIO Ltd）作为美国Sage Science公司DNA片段回收系列产品在中国区的独家代理商，为国内二代测序、三代测序用户提供测序样品前处理、质控的整体解决方案：
组织研磨仪、单细胞悬液制备仪、细胞破碎仪、超声聚焦打断仪、全自动DNA片段分选回收仪、核酸片段分析仪、脉冲场电泳仪、全自动建库仪、荧光计、超微量分光光度计等。
