SDS-PAGE在化学交联质谱中的重要性

1、SDS-PAGE 质控重要性

使用 SDS-PAGE 在交联质谱的质控中十分重要。通过对交联和未交联产物条带检测，来评估交联效率和确认蛋白复合物的形成状态。通过观察交联后高分子量条带与未交联单体条带的比例，可以避免过度交联（即形成大量难以消化的聚集物，导致质谱数据质量下降），从而指导后续酶切消化和最大化交联肽段的得率，确保最终质谱分析的成功。

2、SDS-PAGE 质控的具体原则

• 实验组设置

 对照组（Control）：蛋白样品+ 缓冲液（不含交联剂）。

 实验组（Test）：蛋白样品+ 交联剂(不同浓度的交联剂)。

• 观察结果与判断原则

在 SDS-PAGE 凝胶上，将实验组与对照组进行对比，判断交联效果是否理想：

理想交联效果：约有一半的单体（Monomer）蛋白仍然保留。凝胶上出现清晰的高分子量条带或阶梯状条带（代表二聚体、三聚体或更高阶复合物）。

交联过度（Over-crosslinking）：单体条带几乎消失，所有蛋白都聚集在胶的顶部或形成大量涂抹状的高分子量产物。

交联不足（Under-crosslinking）：高分子量条带不明显或缺失，蛋白几乎全部以单体形式存在。

3、根据 SDS-PAGE 质控结果进行后续实验（以某次服务项目为例）

选择了经深圳达远辰光科技有限公司优化的交联剂进行了交联测定。从 SDS-PAGE 的结果中无法找到很明显的各个亚基的条带。蛋白丰度过低，存在杂蛋白影响，很难确定最佳的交联剂浓度，后续质谱测定也有可能因为丰度过低而导致无法检测到信号。故需再次富集蛋白，提高蛋白浓度和纯度，避免因样本环节而影响到实验结果的检测。