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全基因组关联分析
应用目标:选取该物种1000个以上重要种质资源进行全基因组分子标记开发,筛选与重要农艺性状紧密关联的候选区域,同时可以进行该物种遗传结构分析。
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最后更新:2013-8-26半年访问:49
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应用目标:选取该物种1000个以上重要种质资源进行全基因组分子标记开发,筛选与重要农艺性状紧密关联的候选区域,同时可以进行该物种遗传结构分析。

已有或即将有全基因组参考序列的物种。如玉米、大豆、水稻、甘蓝、白菜、高粱、黄瓜、西瓜、马铃薯、番茄、拟南芥、猪、牛、鸡、兔子等物种。
从目标物种自然变异群体中选取核心种质,原则为:覆盖尽可能广的地域(不同环境及生长条件),尽可能多的农艺性状,尽可能全的品系(野生种、半野生种、栽培种等)。
利用单元型区域进行种质资源挖掘的研究思路
构建目标物种系统发育树

基于多态性分子标记定义目标物种不同品种间的亲缘关系,绘制物种系统发育树来研究其演化过程。

群体进化树:每个节点代表一个或几个个体,枝长代表进化距离。
单体型预测

根据连锁不平衡理论,对所有品种中共同遗传而很少重组的区域进行预测,通过LD分析,定义单体型。

LD图谱:横向为各个多态性位点在基因组上对应的位置,通过计算两两间的连锁不平衡率,定义单体型。
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