组织或细胞的原位杂交与菌落的原位杂交不同。菌落原位杂交需裂解细菌释出DNA ，然后进行杂交。而组织或细胞的原位杂交是经适当处理后，使细胞通透性增加，让探针进入细胞内与DNA或RNA 杂交。因此原位杂交可以确定探针的互补序列在胞内的空间位置。

    探针： 用于原位杂交的探针可以是单链或双链DNA ，也可以是RNA 探针。通常探针的长度以100～400nt为宜，过长则杂交效率减低。最近研究结果表明，寡核苷酸探针（16 ～ 30nt）能自由出入细菌和组织细胞壁，杂交效率明显高于长探针。因此，寡核苷酸探针和不对称PCR标记的小 DNA 探针或体外转录标记的 RNA 探针是组织原位杂交的优选探针。

    标记： 探针的标记物可以是放射性同位素（如 3H 、35S 、32P ），也可以是非放射性生物素和半抗原等（荧光素，生物素、地高辛等）。

    原位杂交有很高的敏感性和特异性，可进一步从分子水来探讨细胞的功能表达及其调节机制。原位杂交能在成分复杂的组织中进行单一细胞的研究而不受同一组织中其他成分的影响，因此对于那些细胞数量少且散在于其他组织中的细胞内DNA或RNA研究更为方便；同时由于原位杂交不需要从组织中提取核酸，对于组织中含量极低的靶序列有极高的敏感性，并可完整地保持组织与细胞的形态，更能准确地反映出组织细胞的相互关系及功能状态。

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