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lncRNA芯片实验及数据分析服务
独家提供lncRNA最全面且权威的lncRNA实验及数据分析服务,包括已知lncRNA鉴定、新lncRNA预测,lncRNA靶基因预测、反向lncRNA预测等多种服务
服务类别:芯片与生物信息学总访问:4557
最后更新:2014-4-1半年访问:67
参考报价:021-31523052
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  lncRNA芯片实验及数据分析服务

  实验测试服务:

采用agilent的G3芯片进行芯片实验操作,实验流程略

 数据分析服务:

 1.  均一化及差异lncRNA筛选

   对芯片产生的原始数据进行预处理、均一化后,利用统计学方法筛选出差异表达LncRNA
 

2. 差异lncRNA重注释

3.lncRNA靶基因的功能及代谢通路分析

 由于lncRNA芯片的注释不太完善,且注释的准确性不高,需要将差异lncRNA在基因组上进行重定位,确定其在染色体上的位置及与其他基因的关系。

 我们将靶基因向gene ontology数据库的各节点映射,计算每个节点的基因数目,另外,我们使用GenMAPP v2.1将靶基因向KEGG pathway数据库映射,并统计基因在每个pathway中的富集程度(enrichment p-value)。

 
4.cis靶基因预测
   Cis作用是lncRNA的一种靶基因作用方式。我们利用基因组注释和基因组浏览器鉴定lncRNA的可能的靶基因。 
 
5.trans靶基因预测
   trans作用是lncRNA的另一种靶基因作用方式。我们利用RNAplex等鉴定lncRNA的可能的靶基因。
 
  6. lncRNA转录因子分析
    提取LncRNA转录起始位点上下游序列。转录因子数据库使用TRANSFAC 7.0 public(动物)或PlantCARE(植物)进行转录因子预测。
 
7.反向lncRNA靶基因预测
   从您感兴趣的已知基因开始(例如p53,COX-2等与肿瘤等密切相关的基因),利用我们的lncRNA数据库和靶基因预测软件pipeline,找到潜在的调节这些基因的lncRNA。
   
8.LncRNA转录本信息查询
可针对客户最终关注的LncRNA进行转录本信息确认,提供去除内含子的LncRNA序列信息及与相关基因的定位
 

 

 


 

  
 

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