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敏芯科技提供专业文献挖掘分析服务，您只需要提供一个或一组关键词，我们将为您自动搜索相关的文献资料并加以提炼，找出您感兴趣的生物信息
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文献挖掘服务（NLP）
一、项目目标
利用NLP(Natural Language Processing)方法从PubMed文献摘要数据库中分析与A（某关键词，可以是疾病，基因，细胞、组织名称等）相关的基因/蛋白/miRNA，形成相关的基因/蛋白/miRNA列表，通过人工筛查删补后，建立与A相关的基因/蛋白/miRNA调节网络。最后对与A相关的基因/蛋白进行功能性分析（TF、KO、GO分析等），以寻找已知基因/蛋白的未知功能。
二、项目用途
该平台用途相当广泛，例如：
1、可以对研究的相关领域有一个宏观了解，是一个一劳永逸的工作。
2、运用于基金申请的项目立项、研究背景，举例说明等方面。有助于提高各类科学基金申请的成功率。
3、分析的基因一般都是专业的明星分子，可以为深入研究提供信息；
4、构建一个宏观的分子线路图，适用于信号通路分析；
5、分析了低通量筛选出来的基因，可以用于和芯片、solexa等数据分析的比较；
6、通过构建基因调控网络，可以揭示目标基因之间的相互作用关系；
三、项目可靠性
1、对于基因和关键词的关系，是由计算机的相关算法自动处理的结果，我们还提供文章摘要中的关键句子作为佐证。
2、所有涉及的文章的Pubmed ID号、基因别名等信息均存在放附表中，以供客户查阅及验证。
3、基因互作数据取自专业数据库,数据准确可靠。
4、所有的信息都要经过人工的检查，保证数据准确可靠，并具有代表性和完整性（需要公司及客户对结果进行人工增删）。
四、项目方案
从PubMed中查找到与A相关的文献一共有n篇，n需达到可以构建基因/蛋白网络图标准。
2.1. 基本流程
1） 文档搜索及格式化，利用关键词进行文档搜索，并将文档整理成XML格式。
2） 利用软件进行基因的描述的定位。
3） 基因符号以NCBI的entrez gene数据库为准。
4） 利用关键词搜索，获得相关文献的摘要。
5） 对于每个基因，统计该基因出现的频率。
6） 提取出相关基因及摘要中提及的语句。
7） 人工核对查证纠错（敏芯公司负责进行初筛，客户进行细筛）。
8） 对筛选的基因进行功能及网络分析
2.2. 分析结果
2.2.1. 找到相关的生物信息
2.2.2. 构建基因/蛋白网络
通过整合PubMed text mining，同源预测，基因neighbor，蛋白-蛋白相互作用，基因融合等数据，建立一个all differentially expressed genes in a single plot的调控网络。这是一种已有知识驱动的网络构建。 其中连接边pink=experiments，blue=database，yellow=text mining。其中Experiments(pink)和database(blue)的证据较为可靠。连接度p<0.01的基因在网络图中使用红色方块标记。
2.2.43 基因/蛋白功能性分析
对获得的基因/蛋白进行KO、GO等功能性分析。
GO-Analysis
Gene Ontology（简称GO）是基因功能国际标准分类体系。研究基因/蛋白在Gene Ontology中的分布状况将阐明与A(关键词)相关的基因/蛋白在功能上的体现。
利用matlab软件，将与A相关的基因对应到GO数据库中，并计算每个GO节点的富集p-value。
Pathway Analysis
我们利用matlab软件，将与A(关键词)相关的基因对应到KEGG pathway数据库中，并计算每个pathway的富集p-value。挑选p-value<0.01的pathway。
与客户发表的相关SCI论文：
南京医科大学
Wen Gao, Jing Xu, Lingxiang Liu, et al., A Systematic-analysis of Predicted MiR-21 Targets Identifies a Signature For Lung Cancer,Biomedicine & Pharmacotherapy, IF=2.20
天津医科大学总医院
Kai Huang, Jun-Xia Zhang, Lei Han, Yong-Ping You, Tao Jiang, Pei-Yu Pu, Chun-Sheng Kang, MicroRNA roles in beta-catenin pathway, Molecular Cancer. 2010 9 21;9:252.IF=4.16
天津医科大学总医院
Xiao Yue, FengMing Lan, Weidong Yang, Yang Yang,Lei Han ,Anling Zhang, Jilong Liu, Huazong Zeng, Tao Jiang, Peiyu Pu, Chunsheng Kang, Interruption of β-catenin supresses the EGFR pathway by blocking multiple oncogenic targets in human glioma cells, Brain research.2010,10,032.IF=2.463
手机版：文献挖掘服务
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