10X单细胞ATAC测序

10X scATAC-seq（Single Cell Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequecing，单细胞染色质可及性区域的测序）是在单细胞表观基因组学水平上揭示染色质可接近性的研究策略。通过单细胞染色质可接近性图谱构建，不仅能清晰了解染色质结构，还可以绘制高分辨率转录因子调控网络，为深入了解疾病的诊断和治疗铺平道路。


技术优势

• 超高通量：每个微流控道一次性可捕获500-10000个单细胞核；
• 超高捕获率：平台每个细胞核的捕获效率达到65%；
• 超短周期：Tn5转座酶切割染色质的开放区域，同时在DNA片段的末端添加测序引物，省时省力；
• 超多数据量：获得染色质所有开放染色质区域，不局限于某个转录因子位点或蛋白保护区域；
• 超低污染：线粒体序列污染低，GM12878细胞系测试结果小于2%；
• 超低成本：相较于其他单细胞捕获平台或传统酶切方法，价格大幅降低；
• 适用多种类型样本：可以处理细胞系、原代细胞、新鲜样品和冻存样品；
• 分析一体化：运用10X官方软件和可视化工具分析单细胞表观遗传数据。

技术路线


技术参数

• 组织样本：0.2g新鲜组织，置于美天旎组织保存液中，2-8℃保存，48h以内运输，冻存组织，干冰运输
• 细胞总量：5 x 106个
• 细胞核浓度：＞2000 cell/ul
• 细胞活性：活细胞比例小于5%
• 测序细胞个数：1000-10000
• 测序数据量：推荐每个细胞测75,000条reads。例如：应用Illumina Hiseq PE50的测序策略，即每个细胞至少测75kb*50*2=7.5M base数据量，如6000个细胞约6000*7.5M=45G base数据量
• 测序模式：Illumina Novaseq6000，PE50测序模式

部分结果展示
t-SNE聚类细胞分布

拟时序分析

与单细胞转录组关联分析

Peak相关基因GO富集分析




 

北京果壳生物科技有限公司， 专注多组学与分子检测技术的研究和应用。公司成立于2017年，创始团队深耕基因检测领域，历任著名科研机构和上市公司骨干岗位。
公司在北京设有分子研发中心，占地面积约1500㎡，搭载Illumina iScan、NovaSeq 6000、10x Genomics、MassARRAY、KASP等中、高通量检测平台，为科研客户提供多组学研究的综合性解决方案。2020年，公司在成都建立临床医学检验所，具备临床基因扩增检验资质，占地面积约5000㎡，为西南地区较大的实验基地之一。拥有大规模基因组信息检测、数据分析能力，标准的质量控制流程，能够有效支撑临床实践过程中的检测项目实施需求。
果壳生物的基因芯片平台处于业内领先地位。公司先后自主研发ASA-CHIA芯片和GUOKE 50K芯片，广泛应用于科研队列研究和遗传病筛查领域，大大降低了分子诊断技术在终端的使用成本，目前检测能力高达10000例样本/周。
果壳生物目前已累计服务全国300余家科研院所、三甲医院，完成50万余份样本的基因检测工作，与全球近20位分子诊断领域的顶尖科学和医学专家建立深度合作，横跨基础研究、出生缺陷防控、个体化基因检测等多个领域，致力于让领先的基因组学检测技术发挥更大的应用价值。

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