整合位点分析

一、项目背景介绍：
病毒载体整合至宿主细胞基因组，可能破坏基因组的内源性基因表达1。随着研究的进一步深入，科学家发现慢病毒等逆转录病毒的整合不是完全随机的，其中慢病毒整合更容易发生在活跃转录的基因中，存在致病的潜在风险，因此整合位点分析评估其插入导致细胞发生基因突变、基因失活/激活，或细胞癌变的风险就显得尤为重要。

二、金则使用的技术以及优势
金则利用单端锚定PCR，其原理如下：技术原理:
单端PCR与传统扩增子相比的优势
1.单端锚定扩增可以提高模板利用率。
对于引物结合位点距离末端较近的模板，也能有效扩增。
2.待检测基因单端序列已知即可
可以用于对被插入或整合的单端未知基因进行扩增检测。


单端锚定PCR技术优势

	多重扩增子	多重扩增子+UMI	单端锚定多重PCR
样本类型	cfDNA	cfDNA	cfDNA
原理	双端特异性引物PCR	双端特异性引物PCR+UMI	单端特异性引物PCR+UMI
实验流程	特异性扩增+文库构建	特异性扩增+文库构建	文库构建+单端特异性引物扩增
探针/引物合成周期	7天	7天	7天
最低检测限（LOD）	1%	0.1%	0.01%

模板分子利用率高
接头连接效率高
单端接头连接效率高于双端接头
检测位点上下游引物单端锚定
UMI技术降噪
通过接头连接引入UMI，可满足低频突变检测的需求。
UDI减少数据串扰
搭配Illumina平台UDI接头，有效减少数据串扰。
快速个性化定制

北京金则医学检验实验室有限公司（以下简称“金则医学检验”）是成立于2017年，隶属蛋白质药物国家工程研究中心精准医疗平台和临床CRO平台，拥有自主知识产权的高通量基因测序、荧光定量PCR、免疫和生物信息等相关技术平台。公司做为第三方医学检验机构，依从ISO15189管理体系，涉及领域涵盖医学检验、检测试剂/仪器开发服务、科研服务、大数据分析等多个业务方向。 “金则医学检验”采用国际领先实验室先进管理标准，建设了2200平方米的专业实验室；设有分子、生化、免疫、微生物等专业实验室，可提供各类检测项目和服务，主要包含： 1）精准医疗检测（病原体核酸检测、肿瘤个体化用药基因检测、遗传性肿瘤基因检测、药物代谢基因检测、遗传病基因检测、新生儿系列筛查检测、老年痴呆早筛检测等系列）； 2）科研CRO服务（抗原抗体等蛋白产品的开发与服务）； 3）临床CRO服务（核酸、分子、病理等药效学标志物为主的临床前和临床研究）。 “金则医学检验”致力于为患者寻找匹配的化疗\放疗\靶向\免疫治疗方案，制定个性化的治疗决策；利用多技术平台，在临床试验及科研中，探索最优的肿瘤标志物和治疗方案。同时在药物早期开发、临床试验和产品上市方面与药企全程陪伴合作，并与药企、专家、学术研究机构一起，通过前沿技术的探索与转化，不断提高肿瘤的治疗手段，满足医疗需求