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游离于染色体基因组之外的DNA (extrachromosomal DNA，ecDNA)被发现常常以环状的形式存在，这种形式的DNA被称为环状DNA 。
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环状DNA简介
游离于染色体基因组之外的DNA (extrachromosomal DNA，ecDNA)被发现常常以环状的形式存在，这种形式的DNA被称为环状DNA (extrachromosomal circular DNA，eccDNA）。目前也习惯将巨大的环状DNA(>1Mb)称为ecDNA, 而将相对较小的环状DNA称为eccDNA。
传统观点认为真核基因组通常形成稳定的线性染色体。但最新的研究表明：无论是在正常体细胞还是癌细胞中，都存在大量染色体外环状DNA。近日，Nature杂志上发表了颠覆性研究成果：在肿瘤中，主要的癌基因转录本是直接来自于环状DNA的，而环状DNA的染色质是高度开放的，环状DNA的癌基因能够大量表达，同时缺乏丝粒，导致不遵照孟德尔定律进行遗传，这种特性使得环状DNA是驱动肿瘤异质性的重要机制。由此可见，由于其结构和表达的特异性，环状DNA可以影响细胞生命活动，促进肿瘤细胞演进和适应性进化，增加了基因组的可塑性和不稳定性。目前，环状DNA不仅仅可以作为一种新型特异的肿瘤标志物，还在肿瘤发生发展机理研究中发挥着重大的潜在价值。可以预见的是，环状DNA将迅速成为新的科研热点，甚至会对传统遗传学和基因组学带来革命性影响。
2. 琼脂糖电泳及胶回收
3. Sanger 测序及结果分析
组织、细胞、血清血浆或DNA样品。
样品量：
a）细胞：2×107
b）组织：200mg
c）血清血浆：5mL
d）DNA：>=10 µg，溶于无菌水或 TE（PH = 8）（OD 260/280值应在1.7～2.0 之间；RNA 应该去除干净；不得有其它个体或其它物种的DNA污染）。
样品运输及保存：
样品运输：样品置于1.5mL Eppendorf管中，封口膜封好，干冰运输，DNA可用冰袋运输。
样品保存：细胞样品或新鲜组织块切块，液氮冻存后-80℃保存；DNA样品短期内可-20℃，避免反复冻融。
游离于染色体基因组之外的DNA (extrachromosomal DNA，ecDNA)被发现常常以环状的形式存在，这种形式的DNA被称为环状DNA (extrachromosomal circular DNA，eccDNA）。目前也习惯将巨大的环状DNA(>1Mb)称为ecDNA, 而将相对较小的环状DNA称为eccDNA。
传统观点认为真核基因组通常形成稳定的线性染色体。但最新的研究表明：无论是在正常体细胞还是癌细胞中，都存在大量染色体外环状DNA。近日，Nature杂志上发表了颠覆性研究成果：在肿瘤中，主要的癌基因转录本是直接来自于环状DNA的，而环状DNA的染色质是高度开放的，环状DNA的癌基因能够大量表达，同时缺乏丝粒，导致不遵照孟德尔定律进行遗传，这种特性使得环状DNA是驱动肿瘤异质性的重要机制。由此可见，由于其结构和表达的特异性，环状DNA可以影响细胞生命活动，促进肿瘤细胞演进和适应性进化，增加了基因组的可塑性和不稳定性。目前，环状DNA不仅仅可以作为一种新型特异的肿瘤标志物，还在肿瘤发生发展机理研究中发挥着重大的潜在价值。可以预见的是，环状DNA将迅速成为新的科研热点，甚至会对传统遗传学和基因组学带来革命性影响。
技术简介
针对测序项目中筛选出的环状DNA，云序提供sanger测序服务验证环状结构。通过设计反向引物进行PCR扩增，验证连接位点处序列。通过反式PCR扩增出来的产物，将覆盖环状DNA连接位点的扩增产物进行sanger测序，精确证实连接位点。通过sanger低通量测序，一方面更加严谨地核实了所挑选出的环状的连接位点，第二方面验证了高通量测序和分析识别环状DNA的准确性，第三方面可以确认某些高通量测到表达量较低的环状确实存在。云序生物针对环状DNA的break point设计反向引物
实验方法
1. PCR 扩增2. 琼脂糖电泳及胶回收
3. Sanger 测序及结果分析
样本要求
样品类型：组织、细胞、血清血浆或DNA样品。
样品量：
a）细胞：2×107
b）组织：200mg
c）血清血浆：5mL
d）DNA：>=10 µg，溶于无菌水或 TE（PH = 8）（OD 260/280值应在1.7～2.0 之间；RNA 应该去除干净；不得有其它个体或其它物种的DNA污染）。
样品运输及保存：
样品运输：样品置于1.5mL Eppendorf管中，封口膜封好，干冰运输，DNA可用冰袋运输。
样品保存：细胞样品或新鲜组织块切块，液氮冻存后-80℃保存；DNA样品短期内可-20℃，避免反复冻融。
数据展示
1. 环状DNA特异性的junction位点分析手机版：环状DNA Sanger测序
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