SBC lncRNA芯片

       长链非编码RNA（lncRNA）是一类长度大于200nt的非编码RNA，其在转录沉默、转录激活、染色体修饰、核内运输等均具有重要的功能。lncRNA曾被比喻为宇宙的暗物质，最近几年的研究发现它参与多种生物学过程，是维持基因功能的重要基础，与多种复杂疾病相关。但仍有大量lncRNA的具体作用机制尚不清楚，这也使得lncRNA成为当前的科研热点。
       基因芯片作为一个成熟的技术平台，二十几年来被广泛用于基因表达谱的检测。对于lncRNA基因表达谱检测，基因芯片比RNA测序有许多重要且不可替代的优势：
1、芯片利用寡核苷酸探针与目的基因碱基互补杂交、扫描获得的荧光信号来检测表达丰度。与RNA测序相比，芯片检测的准确性受低丰度转录本的影响更小，更适合检测整体表达丰度低的lncRNA。由于提高测序深度会增加加工不完全RNA的检出机率，提高测序深度可能引起可靠性的下降。
2、lncRNA不具有蛋白的翻译起止位置，RNA测序对lncRNA转录本鉴定的可靠性要低于mRNA。而芯片探针较短可以进行特异性设计，检测更特异。
      SBC是国内最早从事基因芯片研发，也是最早的基因芯片外包服务商之一。SBC根据多年基因芯片开发、设计及对外服务经验，结合lncRNA分子特点，专门针对lncRNA研究设计了可同时检测lncRNA和mRNA的lncRNA+ 芯片产品以满足科学家的研究需求。芯片委托Agilent公司使用Agilent SurePrint技术生产，技术重复性高于99%。

芯片设计策略
       设计收录了相关数据库信息和高质量文献报道的lncRNA，去除冗余，并通过严格的生物信息学方法剔除lncRNA片段及不可靠的lncRNA。通过CAGE-seq，RNA-seq数据鉴定具有高可信度5’TSS及在多种组织或细胞中表达的lncRNA，HGNC收录及lncRNAdb收集的实验验证功能性的lncRNA作为高可信度lncRNA。基于earray软件设计探针，并利用SBC自有分析流程对探针进行double-check，保证探针高特异性区分mRNA和lncRNA。

       上海生物芯片有限公司成立于2001年8月，公司由上海科技创业投资（集团）有限公司、上海张江（集团）有限公司、中科院上海有关院所、上海交通大学等在上海的国内知名大学、研究所、医院和企业共同组建而成，经国家发展与改革委员会批准公司建设和运行“生物芯片上海国家工程研究中心”，是我国生物医药领域规模最大的生物技术国家工程研究中心之一，是全国生物样本标准化技术委员会（TC559）、中国医药生物技术协会组织生物样本库分会（BBCMBA）与中国抗癌协会肿瘤样本整合研究分会的秘书处与主任委员单位。

       通过二十余年的建设和发展，公司（中心）确立了以生物样本库、基因芯片、高通量测序、蛋白芯片、组织芯片、数字化病理、分子病理与生物信息学为核心平台的技术创新服务体系，以分子医学检测技术和分子诊断产品研发生产为核心竞争力的产业化体系，形成科研和药物研发技术服务、分子诊断产品研发生产销售和分子医学检验三大主营业务，公司（中心）具备科研及公共技术平台服务优势、成熟的科技成果转化服务能力、国家工程研究中心品牌影响力等强大的自身资源及优势。