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有参考基因组转录组分析对硬件的需求主要在比对这一环节。内存的容量是比对速度的关键因素。
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目前常见模式生物的基因组序列大都被测序出来，针对这些物种的转录组分析设计的方案称之为有参考基因组解决方案。
硬件需求
有参考基因组转录组分析对硬件的需求主要在比对这一环节。内存的容量是比对速度的关键因素。
推荐产品
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SeqKit
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SeqStation
解决方案概要
测序数据质量控制
与参考序列比对
比对数据质量控制
可变剪接分析以及新转录本预测
差异表达分析
解决方案模块选择
与参考序列比对
比对数据质量控制
可变剪接分析以及新转录本预测
差异表达分析
解决方案模块选择
| 测序数据质量控制 | FastQC 、PringSeq |
| 测序数据预处理 | FASTX-Toolkit 、Cutadapt |
| 与参考序列比对 | BWA、Bowtie Tophat |
| 比对数据质量控制 | RSeQC、Qualimap、RNA-SeQC |
| 可变剪接分析以及新转录本预测 | Cufflinks、Scripture |
| 差异表达分析 | Cuffdiff、DESeq、DEXseq、DEGseq、EdgeR |
| SNP calling | Samtools、SOAPsnp |
| 差异基因GO 富集和Pathway 富集分析 | GOSeq、DAVID、KEGG |
| 差异基因互做网络 | Cytoscape |
手机版：mRNA有参考基因组解决方案
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