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简化基因组测序
原始数据整理、过滤及质量评估,标记位点分析,应用分析,根据客户需求进行个性化分析
服务类别:测序/合成总访问:1519
最后更新:2013-9-3半年访问:54
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 简化基因组测序

简介:简化基因组测序(Reduced-Representation Genome Sequencing, RRGS)顾名思义是对部分基因组进行序列测定。它是指利用RAD-seq和生物信息学方法,设计标记开发方案,富集特异性长度片段,应用高通量测序技术获得海量标签序列来代表目标物种全基因组信息的测序方法。

 

一、技术路线

 

推荐平台:Illumina HiSeq 2000

 

 

二、信息分析

1)未知参考基因组的信息分析流程

1.原始数据整理、过滤及质量评估

 

2.标记位点分析:

 标记位点鉴定

 SNPs位点鉴定

 

3.应用分析:

 SNP单体型图谱分析

 全基因组关联分析(GWAS)

 连锁分析和QTL定位

 种群进化分析

 

4.根据客户需求进行个性化分析

 

 

 2)已知参考基因组的信息分析流程   

1.原始数据整理、过滤及质量评估

 

2.标记位点分析:

 标记位点在基因组上定位

 标记位点鉴定

 SNPs位点鉴定

 

3.应用分析:

 SNP单体型图谱分析

 全基因组关联分析(GWAS)

 连锁分析和QTL定位

 种群进化分析

 

4.根据客户需求进行个性化分析

 

 

三、送样要求

1、 动物组织样品:要求新鲜动物组织,避免脂肪组织,每个样品重量>10 g。

 

2、 血液样品:每份新鲜血液样本的体积>5 mL。

 

3、 植物样品:要求新鲜较嫩的叶片组织,每个样品重量>10 g,干冰或者液氮保存寄送。

 

4、 DNA样品:请提供浓度>100 ng/μl,总量>20 μg的DNA,OD 260/280介于1.8~2.0之间,并确保DNA无降解。

 

5、 样品保存期间切忌反复冻融。

 

6、 送样管务必标清样品编号,管口使用Parafilm 膜密封。

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