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宏基因组从头测序
原始数据整理、过滤及质量评估,基因集分析,基于物种丰度分析,基于群落结构分析,微生物基因组序列组装和拼接
服务类别:测序/合成总访问:1630
最后更新:2013-9-3半年访问:53
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宏基因组从头测序
简介:宏基因组学(Metagenomics)也称为元基因组学,是以样品中的微生物群落作为整体进行研究的学科。宏基因组de novo测序是指对环境样品中所有微生物基因组DNA片段化后进行高通量测序,进行序列组装和基因注释,获得部分不可纯培养微生物的基因组序列,分析该环境下所有微生物基因集信息。

 

一、技术路线

 

  

推荐平台:Roche 454 FLX+、Illumina HiSeq 2000

 

 

二、信息分析

1.原始数据整理、过滤及质量评估

 

2.基因集分析:

 基因功能注释

 基因功能丰度差异分析

 丰度差异的基因 GO 富集分析

 丰度差异的基因 KEGG 富集分析

 聚类分析(热图)

 多元统计分析(根据实验设计) 

 

3.基于物种丰度分析:

 稀释曲线

 Alpha多样性分析

 物种丰度差异分析

 聚类分析(热图)

 多元统计分析(根据实验设计) 

 

4.基于群落结构分析:

 单样品物种分布

 多样品物种分布

 

5.微生物基因组序列组装和拼接

 

6.根据客户需求进行个性化分析

 

 

三、送样要求

1、 样品采集:采集条件的一致是最为重要的环节,需严格按照标准采样,采样后立即冷冻保存。

 

2、 样品DNA:环境因素异常复杂,许多物质或抑制因子会影响后续PCR、测序文库构建和序列测定,常规提取方法不一定适合,建议按公司要求采用专用试剂盒提取。基因组DNA浓度>100 ng/μl,总量>20 μg,OD 260/280在1.8-2.0之间,并确保电泳检测无明显RNA条带,基因组条带清晰、完整;基因组DNA完全无降解;提供DNA电泳检测照片,用自封袋密封后随样品一起送样。

 

3、 送样管务必标清样品编号,管口使用Parafilm膜密封。


 

四、派森诺优势

1. 先进的平台优势:Roche 454 FLX+超长读长保证了三个V区的完整测序,大大提高了环境微生物检测灵敏度。Illumina 测序平台的高通量确保了检测的准确度并大大降低了测序费用。

2. 开发了一套成熟的平行测序方案,可支持超过200个样本的平行测序。

3. 完备的样品检测和预实验体系,为后续测序顺利开展奠定了基础。

4. 丰富的经验,成熟的数据处理和分析系统。

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