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ChIP-Seq序列与参考基因组序列的比对，Peak Calling，Peak Annotation，Motif预测、基因集分析，全基因组范围的峰值分布，基因组水平和感兴趣区域的数据可视化。
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简介：染色质免疫共沉淀技术（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）也称结合位点分析法，是研究体内蛋白质与DNA 相互作用的有力工具，通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究。将ChIP 与第二代测序技术相结合的ChIP-Seq 技术，能够高效地检测全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段。 ChIP-Seq 的原理是：首先通过染色质免疫共沉淀技术（ChIP）特异性地富集目的蛋白结合的DNA 片段，并对其进行纯化与文库构建；然后对富集得到的DNA 片段进行高通量测序。研究人员通过将获得的数百万条序列标签精确定位到基因组上，从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA 区段信息。
二、信息分析
1.原始数据整理、过滤及质量评估
2.ChIP-Seq序列与参考基因组序列的比对
3.Peak Calling（统计每个样品的Peak片段信息）
4.Peak Annotation（根据已有的基因组数据库注释信息获得所有Peak位点信息）
5.Motif预测、基因集分析。
6.全基因组范围的峰值分布
7.基因组水平和感兴趣区域的数据可视化。
三、送样要求
1.样品质量要求：ChIP DNA OD260/280应在1.8至2.0之间。DNA片段大小在100~500bp范围内，主带明显，建议在250bp左右，同时请提供DNA打断时的检测胶图。样品最好经过ChIP-PCR验证。
2.样品浓度要求：样品量≥60ng（3次），浓度≥200pg/ ul。若单次ChIP后DNA量不够，建议将2~3次ChIP的DNA合并在一起。
3.样品包装：样品溶于超纯水中，放于DNase-free的1.5ml离心管中，管口用封口膜封号。请在样品管上做好清楚的标识，最好写在标签纸上，贴在管壁。
4.请仔细填写样品信息表，并且请同时提供质量检测相关数据和图片，包括分光光度、电泳胶图或Nanodrop仪器检测数据等。同样品一起送样。
5.样品运输：DNA样品请用干冰或者冰袋运输。干冰运输时间不要超过72小时；冰 袋运输，时间最好不要超过24小时。
四、应用领域
由于ChIP-Seq 的数据是DNA 测序的结果，为研究者提供了进一步深度挖掘生物信息的资源，研究者可以在以下几方面展开研究：
1.判断 DNA 链的某一特定位置会出现何种组蛋白修饰；
2.检测 RNA polymerase II 及其它反式因子在基因组上结合位点的精确定位；
3.研究组蛋白共价修饰与基因表达的关系；
4.CTCF 转录因子研究。
手机版：CHIP-seq技术
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