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Roche 454 FLX+ System作为二代测序系统中读长最长的测序系统（最长可达1000 bp），是进行基因组de novo测序的最佳选择
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推荐平台：Roche 454 FLX+ 数据为主导，结合Illumina MiSeq和ABI 3730XL数据。
1.原始数据整理、过滤及质量评估
2.基因组序列拼装与分析：
基因组序列拼装
基因组拼装效果评估 (contig N50、scaffold N50、genome size and GC% )
缺口填补（gap finish）
比较基因组分析（基因组进化树分析、SNPs、共线性以及重复片段分析）
绘制基因组图谱
蛋白编码基因预测
非编码 RNA预测
CRISPRs预测
蛋白编码基因的功能注释
蛋白编码基因的KOG和 GO 注释
蛋白编码基因的代谢途径注释（KEGG pathway）
4.根据客户需求进行个性化分析
1、 细菌：浓度≥200 ng/μl，总量≥50 μg；OD260/280值介于1.8-2.0之间的细菌基因组DNA，并确保电泳检测无明显RNA条带，基因组条带清晰、完整，主带应在100 kb以上，DNA无降解，无污染。
2、 真菌：样品浓度≥200 ng/μl，总量≥50 μg，OD值介于1.8-2.0之间的DNA，样品浓度越高越好。真菌的De novo 测序获得精细图，若基因组大小介于10~45Mb之间，需提供至少100μg的DNA，若基因组大小大于45Mb，则需200 μg的DNA。
3、 样品保存期间切忌反复冻融。
4、 送样管务必标清样品编号，管口使用Parafilm 膜密封。
5、 提供DNA电泳检测照片，用自封袋密封后随样品一起送样。
Roche 454 FLX+ System作为二代测序系统中读长最长的测序系统（最长可达1000 bp），是进行基因组de novo测序的最佳选择。同时配合双端测序试剂盒，进行3 kb、8 kb和20 kb三种不同插入长度的双端测序，使得在拼接中能够跳过大范围的重复区，极大地优化了全基因组de novo拼接的结果。再结合Illumina和ABI 3730测序平台，将为您提供高质量的微生物基因组de novo测序服务。
派森诺生物拥有多个先进的测序平台，经验丰富的技术人员及成熟的数据处理和信息分析系统，能够根据合作伙伴的具体需求，设计最佳实验方案，第一时间提供专业、高效的全基因组de novo测序服务。
案例
项目背景：基因组较大，GC含量高
研究目的：进行全基因组测序，了解基因组的全貌
