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原始数据整理、过滤及质量评估，OTU列表生成及注释，基于物种丰度分析，基于群落结构分析，根据客户需求进行个性化分析
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环境微生物多样性检测
简介：宏基因组学研究不要求对每个微生物进行分离纯化培养，而是直接从样品中提取基因组DNA后进行测序分析。通过宏基因组测序，能够解释微生物群落多样性、种群结构、进化关系、功能活性及环境之间的相互协作关系，极大地扩展了微生物学研究范围。环境微生物多样性检测是指通过对环境中微生物16S rDNA高变区/ITS 的PCR扩增产物进行高通量测序，分析该环境下微生物群落的多样性和分布规律。
一、技术路线
推荐平台：Roche 454 FLX+、Illumina MiSeq
二、信息分析
1.原始数据整理、过滤及质量评估
2.OTU列表生成及注释
3.基于物种丰度分析：
稀释曲线
Alpha多样性分析
物种丰度差异分析
聚类分析（热图）
多元统计分析（根据实验设计）
3.基于群落结构分析：
单样品物种分布
多样品物种分布
含进化关系的物种分布
Beta多样性分析（PCoA、NMDS）
5.根据客户需求进行个性化分析
三、送样要求
1、 样品采集：由于环境条件的变化对微生物影响很大，因此要求样品采集条件保持高度一致。为了防止微生物死亡或DNA降解，采样后立即冷冻保存。
2、 样品DNA：环境因素异常复杂，许多物质或抑制因子会影响后续PCR、测序文库构建和序列测定，常规提取方法不一定合适，建议按公司要求采用专用试剂盒提取。基因组DNA浓度＞50 ng/μl，总量＞5 μg，OD 260/280在1.8-2.0之间，并确保电泳检测无明显RNA条带，基因组条带清晰、完整；基因组DNA完全无降解；提供DNA电泳检测照片，用自封袋密封后随样品一起送样。
3、 样品保存期间切忌反复冻融。
4、 送样管务必标清样品编号，管口使用Parafilm膜密封。
四、派森诺优势
派森诺生物拥有多个先进的测序平台，根据合作伙伴的具体需求，设计最佳的实验方案，提供最高效的环境微生物多样性检测测序服务。Roche 454 FLX+具有长读长的特点，适合多V区检测，结合Illumina和ABI 3730测序平台，能够针对各种基因组搭配出最合适的测序流程。
派森诺生物拥有经验丰富的技术人员以及成熟的数据处理和信息分析系统，能在第一时间提供专业、合理、高性价比的测序服务。
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