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SNP分型技术服务

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Sequenom MassARRAY Genotype
本公司技术服务项目有:SNP检测、GWAS、甲基化定量、miRNA表达谱芯片以及病毒包装(腺病毒、慢病毒、腺相关)等。
服务类别:芯片与生物信息学总访问:847
最后更新:2013-6-6半年访问:34
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  • 公司简介

质谱是带电原子、分子或分子碎片按分子量(质荷比)的大小顺序排列的图谱。质谱仪可通过对物质的分子量(质荷比)进行检测,达到区分、鉴别物质的目的。SNP位点两个等位基因之间存在分子量差异,通过分型实验将差异放大,然后以质谱仪进行检测即可达到SNP分型的目的。带电物质无电场的真空管(Drift region)中的飞行速度与分子量负相关,分子量越小,飞行速度越快,到达检测器(Detector)的时间越早,反之亦然。

 
图1:飞行时间质谱检测物质分子量的原理
实验原理:
      MassEXTEND单碱基延伸反应,紧挨SNP位点设计一段探针,在反应体系中以ddNTP替代dNTP,使探针仅在SNP位点处延伸一个碱基即终止。根据SNP位点的不同,探针将结合不同的ddNTP,从而具有不同的分子量,质谱仪即可检测出这种分子量差异,从而实现SNP分型的目的。
图2:飞行时间质谱法对SNP进行分型的原理示意图
技术优势:
(1)质谱仪检测的是分子最本质的特征之一——分子量,不涉及荧光标记、凝胶电泳等,就能检测一个碱基的差异,准确性高,机器本身出错的概率非常低;
(2)质谱仪的灵敏度非常高,检测窗口内,任何pmol级别的物质都能被检测出来;
(3)通量高:几秒就能检测完一个反应孔;
(4)操作简单,仪器要求简单,除质谱仪外,都是常规PCR仪器;
(5)灵活:每天可以完成几个反应至上万个反应;
(6)便宜:引物不带荧光标记,普通长度(3条引物总长80bp左右),此外在一个反应孔内能完成4个或更多的反应,即通常所说的4重反应;
(7)兼容性强:质谱仪还能在核酸的其它方向,以及蛋白质组学、微生物鉴定等领域也能应用。
(8)质谱技术是“一管式操作”,即反应体系在生化学实验过程中始终在一个试管内反应,没有多次转移,这样就减少被污染的概率。
(9)每张芯片384个样本,每个反应可以检测25~30个SNP位点。
服务路线:
   
实验周期在2-3周以内即可全部完成。
 
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