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Small RNA(Micro RNA)研究

Small RNA(Micro RNA)研究


Small RNA(Micro RNA) analysis
Small RNA是一类高度保守的长度在18-30 nt的具有调节功能的内源性非蛋白质编码RNA分子,主要包括:miRNA、ncRNA等,主要位于基因间和内含子区域。
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最后更新:2014-5-12半年访问:66
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      Small RNA是一类高度保守的长度在18-30 nt的具有调节功能的内源性非蛋白质编码RNA分子,主要包括:miRNA、ncRNA、siRNA、snoRNA、piRNA、rasiRNA等等,主要位于基因间和内含子区域。Small RNA几乎存在于所有的生物体内,通过与靶mRNA的特异结合导致靶mRNA降解或者翻译受抑制,最终调控基因的表达,对生物个体发育、代谢及疾病的发生等起着重要的影响。

     

瑞科基因服务内容:生物信息分析。

   主要包括:

1、 小RNA长度分布;

2、 Small RNA的分类注释;

3、 鉴定已知的miRNA,预测新的miRNA和miRNA前体;

4、 miRNA表达量分析与表达差异分析(表达差异需2个以上样品);

5、 miRNA的靶基因预测,预测miRNA在生长发育过程中的作用;

6、 miRNA的靶基因GO,KEGG分析;

7、 miRNA与物种转录组数据联合分析(定制化);

8、 miRNA靶基因与降解组联合研究(定制化)。

 

 

Small RNA的主要研究手段

    对small RNA的检测主要是通过生物芯片技术,但这些技术只能局限于研究那些序列已知的small RNA,无法发现和研究未知的small RNA分子。基于新一代高通量测序平台Illumina系统,一次可获得数百万条Small RNA序列,可以鉴定并定量出任何物种不同组织、不同发育阶段、不同疾病状态下全基因组水平的Small RNA。

  Illumina系统平台的Small RNA研究常用测序策略:Hiseq 2000,1×36 bp或1×50 bp,文库构建试剂盒:Illumina TruSeq Small RNA Pre Kit。该试剂盒既可使用total RNA,也可使用纯化好的small RNA为起始样品。

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