芯片数据分析

一．芯片数据信息读取（必须）

芯片数据一般都是通过荧光检测装备检测到的荧光强度，芯片上的每一个点（spot）都有自己的杂交信号，通过扫描及读取，可以获取这些杂交信号的相对强弱。

二．数据的预处理以及均一化（必须）

将芯片探针同步到不同的annotation库里面，读取的杂交信号进行log化等预处理，多个探针表达水平同步到特定的基因上，然后进行背景校正，多样本之间进行归一化等等，得到各个基因的相对表达水平。

三．样本表达水平整体分析（可选）

使用样本间的correlation test，主成分分析（PCA）等手段，可以粗略看出各个样本间的成员关系，以及它们之间的相关性，从而对实验好坏做出推断。

四．表达水平差异基因筛选（推荐）

基于不同的实验设计，我们使用相对应的统计手段，如student-t test, ANOVA, ANCOVA, regression test以及simulation等等，得到统计上显著的差异表达的基因、microRNA或者甲基化区域等等。

五．基于表达量的聚类分析（推荐）

具有相似表达量变化趋势的基因很可能具有相同或者相似的功能，基于 hierarchical cluster或者k-mean cluster等方法对基因或者microRNA以及样本进行聚类分析。

六．Gene Ontology分析（必须）

对于得到的特定基因分类，我们采取DAVID、EasyGO等GO分析软件对所得基因进行功能分析，并得到可能的富集功能，绘制相关图和表格。GO 分析对实验结果有提示的作用，通过差异基因的GO 分析，可以找到富集差异基因的GO分类条目，寻找不同样品的差异基因可能和哪些基因功能的改变有关。

七．Pathway Analysis分析（必须）

基于KEGG等数据库，我们采取超几何分布检验等统计手段，得到显著富集的生物信号通路或者代谢通路。通过差异基因的Pathway 分析，可以找到富集差异基因的Pathway 条目，寻找不同样品的差异基因可能和哪些细胞通路的改变有关。

八，Gene Set Enrichment Analysis（GSEA）分析（推荐）

基因富集分析，它是用统计学的方法分析若干类功能基因簇（gene set）是否在不同的生物样本组中存在差异，通过芯片实验数据的分析，寻找不同样品的差异基因可能与哪些生物学功能相关，为后期实验提供参考。

九，针对不同类型芯片的分析

例如SNP芯片的CNV和LOH分析，microRNA芯片的靶基因预测，外显子芯片的可变剪切体分析等等。

十，个性化数据分析

按照客户的要求和课题的特殊要求进行个性化数据分析。

 

详情请见：

E-mail: info@

上海朗康生物科技有限公司位于张江高科技园区，是一家以生物信息学服务及基因检测、个性化健康管理为主的高科技公司。公司拥有一批在生物信息学、计算机学、遗传学、临床医学的专家，力求以市场为导向、产业化为目标，积极促进生命科学研究，疾病预防和健康管理产业的发展。

公司致力于为生命科学领域研究者提供最优质的生物信息学服务，其中涵盖生物信息学软件开发、基因芯片、DNA甲基化芯片、蛋白质芯片及高通量测序相关的实验设计、数据分析、以及基于生物信息学分析算法研究。同时积极面向各大院校、医院、医药企业、医药科研机构等相关单位提供包括生物、医学基础、临床、药学、预防及医学应用以及等领域相关数据统计咨询、数据分析、大型数据库录入分析及课题合作项目以及数据处理技术培训等服务。

公司精心推出的基因检测与个性化健康管理服务，是结合目前国内外最新的科研成果，依托最先进的基因检测技术平台，竭诚为社会各界提供专业、优质、贴心和一对一的服务。公司倾力打造全方位，多层次的健康管理体系，其中包括基因检测，家族遗传病史档案管理，家族疾病预防，家族寻根问祖，个性化健康管理方案等，切实做到早预防、早发现、早治疗，让您更健康，让生命更精彩。

公司目前已与复旦大学、同济大学、国家生物芯片工程研究中心、中山医院、长海医院等建立了长期的合作关系。公司秉承诚实、守信、创新、卓越的企业理念，奉行以人为本、规范管理、客户至上的经营方针。