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定量分析ChIP-qPCR数据的方法:Percent Input法和富集倍数法步骤介绍

浏览次数:7520 发布日期:2023-2-22  来源:本站 仅供参考,谢绝转载,否则责任自负
ChIP-qPCR 数据需要针对可变性来源进行标准化,包括染色质数量、免疫沉淀的效率(富集效率)和 DNA 回收率。
 
两种常用的标准化 ChIP-qPCR 数据方法——Percent Input法和富集倍数法(Fold Enrichmen)。与input相关的ChIP-qPCR数据包括ChIP的背景水平和input染色质的标准化。建议ChIP 实验重复,尽可能将结果与背景信号和标准误差一起显示。
 
Percent Input
使用这种方法,从ChIP获得的信号除以从input样本中获得的信号。input样本代表ChIP中使用的染色质数量。通常1%的起始染色质用作input。

 

示例:计算input百分比

注意:如果起始input为1%,则从稀释input的Ct值中减去100或6.644 cycles(100的log2)的稀释因子(DF)。
 
 

富集倍数法
这种标准化方法也称为“背景信号”或“相对无抗体对照”。该方法将ChIP 信号除以无抗体信号,将ChIP信号表示为信号相对于背景信号的倍数增加。该方法建立在背景信号的水平在不同的引物组、样品和重复实验间可重复的假设上。背景信号水平在引物组、样品和实验之间有所不同。
发布者:深圳市易基因科技有限公司
联系电话:0755-28317900
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