m6A在农业生物研究方面的应用汇总
目前m6A修饰的文献已达3000+篇，并且每年呈指数上涨，证明目前m6A修饰研究火热程度。其中大部分研究是在人和大鼠小鼠中，其他动物中发表出来的文献还较少，留有非常广泛的研究空间。Pubmed上文献搜索结果显示，目前m6A农口文章中，非洲爪蟾文章4篇，鸡13篇，牛5篇，猪31篇，其中，云序生物提供测序服务助力发表的文章物种涵盖了非洲爪蟾、鸡、牛。我们为大家汇总了5篇云序客户发表的农口文章，均是仅通过测序数据分析，发表了m6A修饰谱学文章。其中的文章3和4，一次m6A全转录组测序数据,发表了lncRNA和circRNA两篇文章，真正体现了一次测序数据，多个研究成果，也为如何在3-6个月内短、平、快发表5分左右文章提供借鉴。
发表期刊：Chemosphere
影响因子：5.778
发表时间：2020.4
客户单位：山东第一医科大学
文章链接：Distinct m6A methylome profiles in poly(A) RNA from Xenopus laevis testis and that treated with atrazine
本研究通过云序生物提供的m6A-MeRIP-seq服务，检测了阿特拉津(AZ)处理和未处理的非洲爪蟾(Xenopus laevis, X. laevis)睾丸组织（3v3）的m6A转录组谱。结果表明，m6A是X. laevis中一个高度保守的mRNA修饰。与哺乳动物不同，X. laevisis中的m6A富集于结束密码子和开始密码子附近，如植物中报道的那样。通过m6A测序，研究了AZ暴露下 X. laevis睾丸中m6A的差异表达，并与对照组的X. laevis进行了比较。结果表明，AZ导致1380个m6A修饰位点表达谱的改变(696个上调，684个下调)。KEGG通路分析表明，“nod样受体”、“紧密连接”、“过氧化物酶体增殖物激活受体”、“粘附连接”、“甘油磷脂代谢”和“脂肪酸生物合成”信号通路可能与受AZ影响的X. laevis睾丸发育异常有关。分析结果显示，m6A修饰与mRNA丰度呈正相关，提示m6A在两栖基因表达中起调控作用。本文报道了两栖动物X. laevis的转录组图谱，为揭示可能影响/控制两栖动物睾丸发育的m6A功能提供了基础。
影响因子：5.201
发表时间：2021.2.5
客户单位：农业部鸡遗传育种重点实验室
文章链接：Profiling of RNA N6-Methyladenosine Methylation Reveals the Critical Role of m6A in Chicken Adipose Deposition
本研究绘制了鸡脂肪组织中m6A修饰景观。采用云序生物提供的m6A-MeRIP-seq服务比较肥瘦肉鸡（3v3）m6A甲基化模式的差异。分析结果发现，起始密码子、终止密码子、编码区和3’UTR区普遍富集m6A峰。高甲基化的m6A基因(肥禽与瘦禽)主要与脂肪酸生物合成和脂肪酸代谢相关，而低甲基化的m6A基因主要参与与发育相关的过程。此外，本研究发现许多基因的mRNA水平可能受m6A修饰的调控。这是对鸡脂肪转录组中m6A模式的首次全面表征，为研究m6A修饰在脂肪沉积中的作用提供了基础。
文章3.鸡马立克氏病毒中lncRNA表达谱
发表期刊：BMC Genomics
影响因子：3.594
发表时间：2021.4.22
客户单位：河南农业大学
文章链接：Transcriptome-wide N6-methyladenosine modification profiling of long non-coding RNAs during replication of Marek's disease virus in vitro
本研究分析了马立克氏病毒（MDV）感染和未感染（3v3）的鸡胚成纤维细胞(CEF)中lncRNA的m6A修饰。通过云序生物提供的m6A-MeRIP-seq服务结果显示，与未感染细胞相比，lncRNA m6A修饰位点的表达增加，而lncRNA m6A修饰位点的表达高度保守。GO和KEGG分析表明，lncRNA m6A的修饰与MDV感染相关的信号通路高度相关。MDV感染后出现的lncRNA上的m6A的变化表明，这一过程在MDV复制过程中起着重要的调控作用。本文报道了MDV感染CEF细胞中lncRNA转录组范围内m6A修饰的改变。
发表期刊：Scientific reports
影响因子：3.998
发表时间：2021.5.26
客户单位：河南农学大学
文章链接：Comprehensive profling analysis of the N6-methyladenosine-modifed circular RNA transcriptome in cultured cells infected with Marek's disease virus
本研究对感染和未感染（3v3）马立克氏病毒（MDV）的鸡胚成纤维细胞(CEF)通过云序生物提供的m6A-MeRIP-seq服务, 对环状RNA上的m6A修饰进行了分析, 发现m6A修饰在环状RNA中高度保守。与未感染组相比，感染MDV的细胞中circRNA m6A修饰的丰度减少，但峰数和保守基序的数量没有显著差异。然而，GO和KEGG通路分析表明，胰岛素信号通路与m6A修饰环状RNA在MDV感染中的调控有关。本文描述了MDV感染CEF细胞中环状RNA m6A修饰谱的变化的研究。
文章5.牛乳腺上皮细胞m6A修饰谱
影响因子：4.6
发表时间：2021.6.10
客户单位：华中农业大学
文章链接：Transcriptome Profiling of m6A mRNA Modification in Bovine Mammary Epithelial Cells Treated with Escherichia coli
本研究使用云序生物提供的m6A-MeRIP-seq服务，对经灭活大肠杆菌处理24 h和未处理（3v3）的牛乳腺上皮细胞RNA进行测序。与Con组相比，大肠杆菌组有474个mRNA高甲基化，2101个mRNA低甲基化。生物学功能分析显示，差异的m6a修饰基因主要富集于MAPK、NF-κB和TGF-β信号通路。为了探究m6A与mRNA表达的关系，结合MeRIP-seq和mRNA-seq分析，发现212个基因的mRNA表达和m6A修饰均发生了变化。本研究提出了大肠杆菌治疗乳腺炎的RNA m6A修饰图谱，为今后的研究提供了基础。
01 m6A RNA修饰测序
m6A RNA修饰测序（m6A-meRIP-seq）
对m6A RNA甲基化，目前流行的检测手段为m6A-Seq技术，适用于m6A RNA甲基化谱研究，快速筛选m6A RNA甲基化靶基因。云序可提供mRNA和多种非编码RNA的m6A测序：
LC-MS/MS检测整体RNA修饰水平
精准高效，可以实现一次检测，9类修饰水平检测，一步到位。
比色法检测整体RNA修饰水平
快速检测m6A整体甲基化水平
03 m6A RNA修饰上游酶的筛选
m6A RNA修饰相关酶PCR芯片
寻找上游直接调控m6A RNA甲基化的甲基转移酶。
04 m6A RNA修饰靶基因验证
meRIP-qPCR
云序提供各类不同修饰的meRIP-qPCR服务，可针对mRNA，lncRNA，环状RNA等不同类型的RNA分子进行检测，低通量验证RNA修饰靶基因表达水平。
05机制互作研究
5.1 RIP-seq/qPCR
筛选或验证RNA修饰直接靶点，研究RNA修饰靶基因的调控机制。
5.2 RNA pull down -MS/WB
筛选或验证目标RNA互作基因或蛋白，研究相应的分子调控机制。
5.3 双荧光素酶实验
验证两基因互作，研究相应的分子调控机制。
5.4 ChIP-seq
筛选或验证目标蛋白与DNA互作，研究相应的分子调控机制。
云序生物服务优势
优势一：发表10分以上文章最多的m6A RNA甲基化测序服务平台。云序已累计支持客户发表49篇高水平文章，合计影响因子300分+，是国内支持发文最多、累计影响因子最高的公司。
优势二：至今完成4000+例m6A测序样本，覆盖医口、农口等各类样本。
优势三：全面检测mRNA和各类非编码RNA（circRNA，lncRNA，Pri-miRNA等）。
优势四：独家提供m6A一站式服务：：m6A整体水平检测、m6A测序、MeRIP-qPCR验证、RIP和RNA pull-down。
优势五：率先研发超微量meRIP测序技术，RNA量低至500ng起。
优势六：国内最全的RNA修饰测序平台，提供m6A、m5C、m1A、m7G、m3C、O8G、ac4C乙酰化和2'-O-甲基化测序。
文章1:非洲爪蟾睾丸组织m6A修饰谱
影响因子：5.778
发表时间：2020.4
客户单位：山东第一医科大学
文章链接：Distinct m6A methylome profiles in poly(A) RNA from Xenopus laevis testis and that treated with atrazine
本研究通过云序生物提供的m6A-MeRIP-seq服务，检测了阿特拉津(AZ)处理和未处理的非洲爪蟾(Xenopus laevis, X. laevis)睾丸组织（3v3）的m6A转录组谱。结果表明，m6A是X. laevis中一个高度保守的mRNA修饰。与哺乳动物不同，X. laevisis中的m6A富集于结束密码子和开始密码子附近，如植物中报道的那样。通过m6A测序，研究了AZ暴露下 X. laevis睾丸中m6A的差异表达，并与对照组的X. laevis进行了比较。结果表明，AZ导致1380个m6A修饰位点表达谱的改变(696个上调，684个下调)。KEGG通路分析表明，“nod样受体”、“紧密连接”、“过氧化物酶体增殖物激活受体”、“粘附连接”、“甘油磷脂代谢”和“脂肪酸生物合成”信号通路可能与受AZ影响的X. laevis睾丸发育异常有关。分析结果显示，m6A修饰与mRNA丰度呈正相关，提示m6A在两栖基因表达中起调控作用。本文报道了两栖动物X. laevis的转录组图谱，为揭示可能影响/控制两栖动物睾丸发育的m6A功能提供了基础。
文章2.鸡脂肪组织中m6A修饰谱
影响因子：5.201
发表时间：2021.2.5
客户单位：农业部鸡遗传育种重点实验室
文章链接：Profiling of RNA N6-Methyladenosine Methylation Reveals the Critical Role of m6A in Chicken Adipose Deposition
本研究绘制了鸡脂肪组织中m6A修饰景观。采用云序生物提供的m6A-MeRIP-seq服务比较肥瘦肉鸡（3v3）m6A甲基化模式的差异。分析结果发现，起始密码子、终止密码子、编码区和3’UTR区普遍富集m6A峰。高甲基化的m6A基因(肥禽与瘦禽)主要与脂肪酸生物合成和脂肪酸代谢相关，而低甲基化的m6A基因主要参与与发育相关的过程。此外，本研究发现许多基因的mRNA水平可能受m6A修饰的调控。这是对鸡脂肪转录组中m6A模式的首次全面表征，为研究m6A修饰在脂肪沉积中的作用提供了基础。
文章3.鸡马立克氏病毒中lncRNA表达谱
影响因子：3.594
发表时间：2021.4.22
客户单位：河南农业大学
文章链接：Transcriptome-wide N6-methyladenosine modification profiling of long non-coding RNAs during replication of Marek's disease virus in vitro
本研究分析了马立克氏病毒（MDV）感染和未感染（3v3）的鸡胚成纤维细胞(CEF)中lncRNA的m6A修饰。通过云序生物提供的m6A-MeRIP-seq服务结果显示，与未感染细胞相比，lncRNA m6A修饰位点的表达增加，而lncRNA m6A修饰位点的表达高度保守。GO和KEGG分析表明，lncRNA m6A的修饰与MDV感染相关的信号通路高度相关。MDV感染后出现的lncRNA上的m6A的变化表明，这一过程在MDV复制过程中起着重要的调控作用。本文报道了MDV感染CEF细胞中lncRNA转录组范围内m6A修饰的改变。
文章4.鸡马立克氏病毒中circRNA m6A修饰谱
影响因子：3.998
发表时间：2021.5.26
客户单位：河南农学大学
文章链接：Comprehensive profling analysis of the N6-methyladenosine-modifed circular RNA transcriptome in cultured cells infected with Marek's disease virus
本研究对感染和未感染（3v3）马立克氏病毒（MDV）的鸡胚成纤维细胞(CEF)通过云序生物提供的m6A-MeRIP-seq服务, 对环状RNA上的m6A修饰进行了分析, 发现m6A修饰在环状RNA中高度保守。与未感染组相比，感染MDV的细胞中circRNA m6A修饰的丰度减少，但峰数和保守基序的数量没有显著差异。然而，GO和KEGG通路分析表明，胰岛素信号通路与m6A修饰环状RNA在MDV感染中的调控有关。本文描述了MDV感染CEF细胞中环状RNA m6A修饰谱的变化的研究。
文章5.牛乳腺上皮细胞m6A修饰谱
影响因子：4.6
发表时间：2021.6.10
客户单位：华中农业大学
文章链接：Transcriptome Profiling of m6A mRNA Modification in Bovine Mammary Epithelial Cells Treated with Escherichia coli
本研究使用云序生物提供的m6A-MeRIP-seq服务，对经灭活大肠杆菌处理24 h和未处理（3v3）的牛乳腺上皮细胞RNA进行测序。与Con组相比，大肠杆菌组有474个mRNA高甲基化，2101个mRNA低甲基化。生物学功能分析显示，差异的m6a修饰基因主要富集于MAPK、NF-κB和TGF-β信号通路。为了探究m6A与mRNA表达的关系，结合MeRIP-seq和mRNA-seq分析，发现212个基因的mRNA表达和m6A修饰均发生了变化。本研究提出了大肠杆菌治疗乳腺炎的RNA m6A修饰图谱，为今后的研究提供了基础。
01 m6A RNA修饰测序
m6A RNA修饰测序（m6A-meRIP-seq）
对m6A RNA甲基化，目前流行的检测手段为m6A-Seq技术，适用于m6A RNA甲基化谱研究，快速筛选m6A RNA甲基化靶基因。云序可提供mRNA和多种非编码RNA的m6A测序：
- m6A 全转录组测序（涵盖mRNA，LncRNA，circRNA）
- m6A LncRNA测序（涵盖LncRNA和mRNA）
- m6A Pri-miRNA测序（涵盖Pri-miRNA和mRNA）
- m6A mRNA测序
- m6A miRNA测序
LC-MS/MS检测整体RNA修饰水平
精准高效，可以实现一次检测，9类修饰水平检测，一步到位。
比色法检测整体RNA修饰水平
快速检测m6A整体甲基化水平
03 m6A RNA修饰上游酶的筛选
m6A RNA修饰相关酶PCR芯片
寻找上游直接调控m6A RNA甲基化的甲基转移酶。
04 m6A RNA修饰靶基因验证
meRIP-qPCR
云序提供各类不同修饰的meRIP-qPCR服务，可针对mRNA，lncRNA，环状RNA等不同类型的RNA分子进行检测，低通量验证RNA修饰靶基因表达水平。
05机制互作研究
5.1 RIP-seq/qPCR
筛选或验证RNA修饰直接靶点，研究RNA修饰靶基因的调控机制。
5.2 RNA pull down -MS/WB
筛选或验证目标RNA互作基因或蛋白，研究相应的分子调控机制。
5.3 双荧光素酶实验
验证两基因互作，研究相应的分子调控机制。
5.4 ChIP-seq
筛选或验证目标蛋白与DNA互作，研究相应的分子调控机制。
云序生物服务优势
优势一：发表10分以上文章最多的m6A RNA甲基化测序服务平台。云序已累计支持客户发表49篇高水平文章，合计影响因子300分+，是国内支持发文最多、累计影响因子最高的公司。
优势二：至今完成4000+例m6A测序样本，覆盖医口、农口等各类样本。
优势三：全面检测mRNA和各类非编码RNA（circRNA，lncRNA，Pri-miRNA等）。
优势四：独家提供m6A一站式服务：：m6A整体水平检测、m6A测序、MeRIP-qPCR验证、RIP和RNA pull-down。
优势五：率先研发超微量meRIP测序技术，RNA量低至500ng起。
优势六：国内最全的RNA修饰测序平台，提供m6A、m5C、m1A、m7G、m3C、O8G、ac4C乙酰化和2'-O-甲基化测序。
