新兴蛋白-DNA互作研究方法：CUT&Tag技术的原理与应用
Cleavage Under Target & Tagmentation(CUT&Tag) 是一种新兴的DNA- 蛋白质互作研究方法。CUT&Tag 以融合了Protein A/G 的转座酶为核心，融合蛋白通过Protein A/G与抗体结合，使得转座酶被栓系在靶位点周围，从而在目的位点附近进行酶切反应，并同时引入二代测序所必需的接头序列，产物DNA 经过后续提取与PCR 扩增后得到文库，可直接用于高通量测序。
01 技术原理
细胞被固定在刀豆蛋白磁珠（ConA 磁珠）表面，然后加入洋地黄皂苷（Digitonin）透化细胞膜，依次进行一抗、二抗、转座体的孵育及片段化，反应产物经过DNA 提取、PCR 富集完成二代测序文库的构建。对于人源细胞常规的组蛋白修饰，仅需进行3-5M reads的测序量就能得到高分辨率的全基因组图谱。
02 技术优势
▪ 信噪比高
CUT&Tag有更低的背景，更强的信号。
▪ 分辨率高
相同测序深度，CUT&Tag获取的Peak数高
03 应用方向
▪组蛋白修饰：无论是常染色质还是异染色质，都可以利用CUT&Tag技术进行探索组蛋白修饰情况。
▪转录因子：转录因子按照CUT&Tag正常实验推荐的细胞量即可进行实验。
▪全基因组结合蛋白：除了组蛋白和转录因子外，基因组上其他结合蛋白同样适用CUT&Tag技术。
▪标签蛋白：若DNA结合蛋白找不到合适的抗体时，可以将靶蛋白和标签核酸序列连接一起，转基因表达。用抗标签抗体进行试验。
▪间接结合蛋白：有些蛋白并不直接结合DNA，而是与直接结合DNA的蛋白结合，同样可以进行CUT&Tag实验。
▪R-Loop结构：R-Loop结构为DNA和RNA杂交链，没有靶蛋白结合。但是有特异性抗体识别，同样可以进行CUT&Tag实验。
04 已验证抗体清单
