Ribo-seq—检测正在翻译的RNA信息 连接转录组学与蛋白质组学的桥梁
技术原理
翻译（Translation）是基因表达的关键步骤，是指信使RNA序列的过程。蛋白质翻译的调控是高度精准、多层次、动态化的过程。
虽然转录组数据一定程度上能够评估蛋白质的表达水平，然而，越来越多的研究结果表明，mRNA的丰度和蛋白质的丰度存在较大差异。这主要是由于在翻译过程中存在复杂的调控机制。蛋白质可以通过质谱技术直接量化蛋白质的丰度，但无法检测出mRNA的翻译效率和蛋白质的合成速率。迫切需要一种创新性技术，洞悉翻译调控过程，并架起转录组学和蛋白质组学的桥梁。因此，翻译组学⸺核糖体印迹测序（Ribosomeprofiling,Ribo-seq）恰逢其时地应运而生。
核糖体印迹测序（Ribosomeprofiling,Ribo-seq），能够精细解析细胞内的翻译过程。Ribo-seq的技术核心是识别与核糖体结合的RNA，以及正在被翻译的约30个核苷酸。对核糖体结合的RNA片段进行测序，能够精确记录核糖体在翻译过程中的位置。将转录组与Ribo-seq数据联合分析，可以计算量化蛋白质的合成速率。通过Ribo-seq分析，能够鉴定新型的uORF、microPeptide、发现新颖的翻译调控机制以及能够被翻译的lncRNA。
应用方向
Ribo-seq应用于研究转录本的翻译活性、鉴定翻译起始位点、密码子使用、ORF位置和mRNA的翻译调控机制。
Ribo-seq技术已经广泛应用在动物、植物和微生物的研究中，用于揭示生长发育、形态建成、疾病发生、逆境胁迫响应的调控机制。总之，Ribo-seq能从基因组水平检测正在翻译的mRNA序列信息，揭示核糖体在mRNA上的位置和翻译活性，并帮助解析翻译调控机制。
翻译（Translation）是基因表达的关键步骤，是指信使RNA序列的过程。蛋白质翻译的调控是高度精准、多层次、动态化的过程。
虽然转录组数据一定程度上能够评估蛋白质的表达水平，然而，越来越多的研究结果表明，mRNA的丰度和蛋白质的丰度存在较大差异。这主要是由于在翻译过程中存在复杂的调控机制。蛋白质可以通过质谱技术直接量化蛋白质的丰度，但无法检测出mRNA的翻译效率和蛋白质的合成速率。迫切需要一种创新性技术，洞悉翻译调控过程，并架起转录组学和蛋白质组学的桥梁。因此，翻译组学⸺核糖体印迹测序（Ribosomeprofiling,Ribo-seq）恰逢其时地应运而生。
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蓝景科信优势
实验周期快、质量高、结果稳定可靠
丰富的物种经验
已做物种
人 小鼠 大鼠 猪 家蚕 果蝇 三角帆蚌 拟南芥 小麦 水稻 玉米 烟草 毛白杨 胡杨 甘薯 油松 草莓 棉花 甲藻 灰葡萄孢菌 大肠杆菌等
分析内容
标准生信分析
1.原始数据过滤与测序质量评估
2.比对去除rRNA、tRNA、sRNA等
3.Reads长度分布统计与长度过滤
4.比对参考基因组
5.测序饱和度分析
6.ORF在基因组上的分布统计与分类
7.三碱基节律分析
8.翻译基因统计与表达量分析
9.样本关系分析
10.组间差异翻译基因分析
11.差异翻译基因的GO和KEGG功能富集分析
12.ORF的翻译潜力分析
13.ORF的特征分析
Ribo-seq与RNA-seq的联合分析
1.翻译效率计算
2.Ribo-seq与RNA-seq的相关性分析
3.翻译效率与转录水平的关联分析
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相关技术服务
多聚核糖体图谱（Polysome profiling）
利用蔗糖密度梯度离心分离游离mRNA、40S和60S核糖体亚基、单核糖体和多聚核糖体，收集多聚核糖体组分进行RNA或蛋白质分析，从而直观地呈现细胞内mRNA的翻译状态。
多聚核糖体表达谱分析（Polysome-seq）
通过蔗糖密度梯度离心分离多聚核糖体组分，结合高通量测序技术，鉴定全基因组范围内编码与非编码基因、分析转录本翻译效率、挖掘新的非编码RNA翻译功能，助力从mRNA到蛋白质之间的翻译调控机制研究。
甲基化RNA免疫沉淀测序（meRIP‒seq）
meRIP-seq通过将m6A抗体与带有m6A修饰的RNA片段进行免疫共沉淀，结合高通量测序技术，在全转录组水平上鉴定和分析RNA的m6A甲基化修饰位点及修饰水平，从而揭示m6A修饰在基因表达调控等生物学过程中的作用机制。
RNA免疫共沉淀测序（RIP-seq）
通过RNA免疫沉淀技术富集与目标蛋白结合的RNA，再进行高通量测序，在全转录组范围内分析体内与特定蛋白相互作用的RNA分子，揭示RNA结合蛋白（RBP）与RNA互作，助力探索基因表达的转录后调控机制。
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通过体外蛋白表达技术，表达出带有标签的RNA结合蛋白（RBP），然后与RNA在体外进行孵育和结合，再分离出与目的RBP结合的RNA，结合高通量测序，可以鉴定出蛋白质结合的mRNA、lncRNA等与细胞命运紧密相关的重要RNA。
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