mosquito & dragonfly在新冠病例全基因组测序中的应用

截止目前，全球新冠确诊病例超200万例，在国内疫情被逐步控制的情况下，国外却呈现愈演愈烈之势，总体情况不容乐观。在这个背景下，世界各国对新冠疫苗和药物研发以及相关的检测试剂盒的开发也在紧锣密鼓的进行中，并取得了初步的成果。
 

近日，英国政府投资2000万英镑，联合NHS、公共卫生机构、Sanger研究所和众多学术机构组成的COVID-19 Genomics UK联盟，将提供大规模、快速的疾病样本测序信息，并与医院、区域NHS中心和政府共享数据。其中Sanger研究所（Wellcome Sanger Institute）作为世界上最先进的基因组测序和数据中心之一，将会对得到的确诊COVID-19病人样本进行基因分析，以了解新冠的传播和变异方式并在全国范围内监控病毒的变化。
 

Genome sequencing facility at the Sanger Institute

Sanger研究所新冠样本病毒文库制备SOP
 

该SOP描述了一种新冠病毒全基因组序列扩增和测序的方法。首先从SARS-CoV-2病毒中提取核酸并生成cDNA，使用V3 nCov-2019引物(ARTIC)对病毒cDNA进行扩增，这套引物包含98对引物，分别产生400bp左右的扩增片段，刚好可以覆盖病毒全基因组（MN908947.3: 29903bp）。接下来再进行文库构建、定量均一化和pooling，然后使用Illumina NovaSeq平台进行测序。

在这个过程中，cDNA generation(Luna Script Super Mix Kit)、cDNA 的扩增(NEB Q5)、cDNA的定量(AccuClear Ultra High Sensitivity dsDNA Quantitation Kit) 和文库的定量（qPCR）等多个步骤使用了来自SPT Labtech的纳升级液体工作站mosquito和dragonfly对RT Master Mix，cDNA和酶等试剂进行小体积的精准分液。（具体SOP请点击下方链接查看）

https://www.protocols.io/view/covid-19-artic-v3-illumina-library-construction-an-be3wjgpe?step=26

英国SPT Labtech：mosquito & dragonfly 纳升级分液系统
 

除了常规的测序外，mosquito和dragonfly还广泛应用于单细胞转录组、宏基因组和表观组测序等多个应用，涉及到数十个成熟的protocol。通过mosquito和dragonfly，可以大大降低input的使用量 (20 pg)，微缩化整个建库体系(低至2 uL)，大大节省试剂和耗材成本，提高整个工作流程的精准度和自动化。
 

mosquito/dragonfly 相关的应用和protocol