兔BCR建库测序(必须搭配BD WTA)

LabEx强势推出兔单细胞BCR全长测序服务

 

技术平台介绍

应用背景及产品介绍

　　兔单克隆抗体相较传统鼠源单克隆抗体，具有更高的特异性亲和力，更广泛的抗体克隆多样性以及更简单稳定的抗体结构等优势特点。因此兔单克隆抗体被越来越广泛地应用到基础生命科学研究、临床诊断抗体开发以及大分子药物开发等生物医药领域。

　　兔单克隆抗体常见的制备技术路线包括杂交瘤技术、噬菌体展示技术、单B细胞克隆技术等等。其中单B细胞克隆技术下游往往衔接各种测序技术作为序列检测手段，如一代测序，Smart-Seq以及最近兴起的单细胞测序(scRNA-Seq)。以上几种常见的技术路线存在着技术实验周期长，实验技术人员技能要求高，实验仪器试剂消耗大等特点。这些特点所对应的时间成本、人力成本以及经济成本也是制约兔单克隆抗体开发实验效率提升的重要障碍因素。

  

    图1.兔单克隆抗体技术路线比对(绿色代表优秀)

　

　　而基于高通量单细胞测序技术而发展起来的高通量的兔单细胞BCR全长测序技术，正是兔单克隆抗体制备方法的升级方案。优宁维提供了全新的scUniv高通量兔单细胞BCR全长测序技术，可在单次实验中一次性完成数万个单B细胞的全长BCR序列的捕获、扩增和序列测定，所得序列结果可直接对接下游抗体蛋白表达，大幅度缩短了兔单克隆抗体制备的实验周期，并降低实验技术人员工作量，是助力兔单克隆抗体筛选工作的利器。

  

scUniv兔单细胞BCR全长测序原理及实验流程

　　我们使用优宁维的scUniv兔单细胞BCR全长测序试剂盒。该试剂盒基于BD高通量微孔板的单细胞测序平台，每个检测通道的一次检测反应，可通过条形码磁珠同时捕获数万个细胞的mRNA分子，同时给每个细胞内的mRNA分子打上相同的细胞标签序列和独特的分子标签序列。随后依次通过TSO介导的反转录以及巢式PCR扩增，最终得到含有单细胞内BCR全长VDJ序列的NGS测序文库。通过最终的NGS测序及数据分析，即可装配出每个B细胞中配对的抗体轻链重链的全长VDJ信息。

  

    

　　图2.兔单细胞BCR全长测序的实验流程

  

　　实验步骤如上图所示，经抗原免疫的兔个体，获取脾脏细胞，经抗原的富集纯化，得到可识别并结合特异性抗原的兔单B细胞。随后利用BD高通量微孔板的单细胞测序系统，对单B细胞进行mRNA转录组的捕获和扩增建库，并利用优宁维的scUniv兔单细胞BCR全长测序试剂盒进行全长BCR序列的扩增建库。最终得到的单细胞mRNA转录组测序可用于可视化分析，精准定义Memory B，plasma等细胞类型。同时单细胞水平的配对的全长BCR序列信息，可用于分析抗原特异性的BCR克隆及其对应的VDJ排列组合序列。

  

scUniv兔单细胞BCR全长测序实测表现

　　按照上述实验流程，我们进行两次独立测试，以模拟检测兔脾脏来源的抗原特异性富集后的B细胞的BCR序列。两次独立实验，最终分别捕获了4211和5938个单B细胞。

　　其中以B1样本的聚类结果为例，细胞的降维聚类图，细胞类型判定结果以及相应的特征基因表达展示如下。4211个细胞经无监督聚类可分为8群，所有细胞均为JCHAIN阳性的B细胞，其中1、2、6、7群细胞属于MZB1阳性的浆细胞。

  

 

　　图3.兔单细胞BCR全长测序的聚类分群

  

　　进一步分析BCR序列结果可知，scUniv兔单细胞BCR全长测序可以极高的检出率和配对率检测到兔B细胞中全长的配对的BCR轻重链序列。两次独立测试结果中的重链阳性百分比，轻链阳性百分比以及轻重链配对百分比均高达90%以上!详细数据如下表所示：

  

 

　　表1.兔单细胞BCR全长测序的配对数据

　　同时，scUniv兔单细胞BCR全长测序还可准确鉴定不同的兔B细胞中独特的IGHA，IGHG，IGHM，IGKC，IGLC等不同链型的轻重链序列，为兔单克隆抗体制备工作提供更全面的链特异性亲和力信息。

　　

  图4.兔单细胞BCR全长测序的轻重链型展示

　　如果你在兔单克隆抗体制备工作中，还困扰于冗长的实验周期、繁重的实验操作以及高昂的仪器试剂成本消耗。乐备实兔单细胞BCR全长测序外包服务为你带来全新的兔单克隆抗体高效解决方案，助力您最短可在三周时间内，获得大量抗原特异性的兔单B细胞内配对的全长BCR序列及数据分析结果。
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上海乐备实生物技术有限公司，简称乐备实(LabEx)，是上海优宁维生物科技股份有限公司旗下全资子公司，主要专注于提供多组学/多因子相关检测分析的实验服务专家，目前已扩展到单细胞测序、空间多组学、流式检测、电化学发光、液相微阵列、蛋白芯片、抗体芯片、PCR Array、ELISA、Elispot、多色免疫组化等30+个技术平台。已经为超过3000个客户提供服务，累计检测样本超过100万，受到了广大客户的赞赏。