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GeoMx® Digital Spatial Profiler (DSP) 为全面的空间生物学解决 方案，其通过一张切片可同时实现空间转录组学和空间蛋白质组学的研究
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2020 年，Nature Methods 将空间转录组学评为“年度方法”标志着空间组学的到来，其可为研究者留下空间位置信息，这激发了研究者对于空间生物学领域的探索。 GeoMx® Digital Spatial Profiler (DSP) 为全面的空间生物学解决方案，其通过一张切片可同时实现空间转录组学和空间蛋白质组学的研究；其可通过区域圈选的方式实现指定位置的探索，堪称生物界的GPS！
您可以通过功能分割在空间上解析组织和细胞群；以较高的plex和灵敏度检测更多的转录组和蛋白质组；使用标准组织学工作流程从FFPE、FF组织和TMA中获得经过验证的可靠结果。通过这项技术，您亦可知道细胞的空间结构，以及它与周围环境的相互作用。
GeoMx®数字空间组学平台
■ GeoMx® DSP通过将标准病理学和分子分析与高效数据分析相结合的工作流程，无缝支持空间转录组学和蛋白质组学研究；
■ GeoMx® RNA检测能够对FFPE或固定冷冻组织单个切片中的全转录组进行定量和空间分析；
■ GeoMx® 蛋白质检测支持对FFPE组织切片中的100多个蛋白质进行靶向空间分析；
■ GeoMx® DSP也能在同一切片上实现RNA和蛋白质的共检测，从而提供多组学结果。
以特异性解析异质性
功能驱动下，在高分辨率空间水平精准解析组织中不同细胞群。
理解组织异质性对于研究发育生物学、疾病发病机制以及对治疗的响应极为重要。GeoMx®ﾠDSP数字空间分析仪填补了组织成像和单细胞测序分析等分子分析技术之间的缺口，支持您利用空间多组学解锁新的生物学见解。
工作流程
利用标准IHC方法，将成像试剂（荧光标记的抗体/探针）、定量试剂（DSP条形码标记的抗体/探针）和组织切片进行混合杂交和染色。在DSP完成成像和感兴趣区域（ROI）圈选、DSP条形码释放收集后，利用NGS进行定量分析，最终得到的是不同组织空间区域（ROI）的表达谱信息。
精准定位您的目标区域
数据检索
GeoMx® Data Analysis Suite（DSPDA）：DSPDA是交互式数据分析工具，将定量数据与空间背景联系起来，提供无缝的实验工作流程。
免疫荧光+RNA/蛋白高通量表达分析：
GeoMx DSP应用领域
产品分类-RNA检测
GeoMx® Human Whole Transcriptome Atlas
GeoMx® Human Whole Transcriptome Atlas（Hu WTA）空间全转录组技术实现了人类组织原位全转录组表达分析。其通过独特的探针结构设计，大大提高了对每个转录本的检测灵敏度和可信度。HuﾠWTA基于HumanﾠGeneﾠNomenclatureﾠCommittee（HUGO）数据库，同时参照NationalﾠCenterﾠforﾠBiotechnology’sﾠInformation（NCBI）RefSeq数据库中的mRNA序列，可检测超过18000种人类蛋白编码基因。DSP RNA探针在保证靶标分子高特异性的基础上，还针对多种因素进行了筛选优化，保证每个探针都对应一个独特的DSP条形码。可用于下游在illumina测序仪上进行分子计数。HuﾠWTA采用靶向捕获的技术原理，避免了基于poly（A）的技术局限性，从而实现了对于严重降解的组织（如FFPE）也有高灵敏度的稳定表现。它能够对于每个目标区域（ROI）内的全转录组进行测量，帮助研究者高分辨率地探索组织微环境和细胞群之间的差异，以及背后详细的生物通路。
产品亮点：
· 涵盖人类全部蛋白编码基因mRNA序列的特异性探针；
· 出色的检测灵敏度：能够在小于50μm的区域内检测出数千个基因；
· 对于包括FFPE在内的各种样本类型均具有可靠性能，分析结果与RNA-seq和RNAScopeTM技术验证数据高度一致；
· 联合单细胞转录组测序（scRNA-Seq）数据，可在组织原位研究不同细胞亚群；
· 流畅整合了illumina测序文库制备流程和简化的NGS数据分析方案；
· 出众的灵活性，用户可定制添加至多60个额外靶点，如非编码RNA、合成DNA序列或者外源基因（如细菌、病毒）等；
· 利用GeoMx® Data Suite和生物信息学工具进行空间转录组统计分析。
GeoMx® Mouse Whole Transcriptome Atlas
小鼠模型在了解发育生物学、疾病发作、进展和治疗方面发挥着关键作用。然而在小鼠转录组研究中，组织异质性会增加细胞群或单细胞RNA-seq数据结果的复杂性。使用GeoMx®小鼠全转录组分析（MuWTA），研究人员可以应用空间转录组学来揭示小鼠模型中的组织结构和基础功能。
产品亮点：
· 全转录组覆盖度，覆盖所有小鼠品系；
· 出色的灵敏度，每份样本可检测的基因数更多，可定量低、中和高表达基因；
· 稳定可靠、可重复的结果，适用于多种样本类型。包括FFPE、新鲜冷冻、固定冷冻和TMA样本；
· 高效实现多样本数据的比较，识别与生物学密切相关的特定区域或细胞群的表达变化；
· 标准化工作流程，运用成熟技术，无需额外验证与优化；
· 最小测序需求，12个感兴趣区域 (ROI) 所需测序量仅为100M reads/样本。
GeoMx® Cancer Transcriptome Atlas
Cancer Transcriptome Atlas（CTA）支持以空间分辨率同时分析超过1,800个RNA靶标，包含细胞分析普遍应用的靶标，以及GeoMx®ﾠDSP实验的必要对照。CTA覆盖112条对免疫应答、肿瘤生物学和微环境至关重要的通路。GeoMx® Cancer Transcriptome Atlas（CTA）支持全面地分析肿瘤、肿瘤微环境和肿瘤免疫状态。
产品亮点：
· 全面的RNA检测靶点，用于癌症生物学研究；
· 广泛覆盖免疫应答、肿瘤微环境和肿瘤生物学研究；
· 包含来自临床相关基因集，例如肿瘤炎性BC360IIO360 指数和PAM50；
· 超过100条通路，全方位探索癌症；
· 兼容RNAscopeTM和抗体形态学标志物；
· 支持增添多达60个额外的目标靶标；
· 流畅整合illumina高通量测序技术；
产品分类-蛋白检测
GeoMx® Human Protein Assays
GeoMx® Human Protein Assays 结合NGS 技术流程能够以空间分辨率同时分析数百种蛋白质靶标的表达。包含4 种蛋白的GeoMx® Protein Core for NGS包含GeoMx® DSP实验所需的对照品。 GeoMx® Human Protein Assays具有模块化设计，提供经验证的检测靶标，用于免疫学、肿瘤免疫学和神经科学研究。
产品亮点：
· 经验证的多靶标检测，专为免疫学、肿瘤免疫学和神经科学等研究设计；
· 在10种检测模块中选择并添加到GeoMx® Human Protein Core，可实现对数百种蛋白质靶标的空间表达定量；
· 可另外定制多达10个目标抗体；
· 流畅整合illumina高通量检测技术；
· 利用 GeoMx® Data Center进行交互式分析。
产品亮点：
· 经验证的多靶标检测，专为免疫学、肿瘤免疫学和神经科学等研究设计；
· 在10种检测模块中选择并添加到GeoMx® Human Protein Core，可实现对数百种蛋白质靶标的空间表达定量；
· 可另外定制多达10个目标抗体；
· 流畅整合illumina高通量检测技术；
· 利用 GeoMx® Data Center进行交互式分析。
案例分析（一）
干细胞样肿瘤细胞的Midkine表达驱动mTOR抑制和免疫抑制微环境的持续
影响因子：17.694；发表时间：2022.08；发表期刊：Nature Communications
mTORC1在多种癌症类型中异常活跃。此研究对结节性硬化综合症(TSC)与mTORC1极度活跃相关的肿瘤进行了单细胞转录组分析、配对T细胞受体(TCR)测序和空间转录组分析，并通过肿瘤调节的免疫抑制性巨噬细胞确定了一种与T细胞功能障碍有关的干细胞样肿瘤细胞状态（SLS）。雷帕霉素及其衍生物(rapalogs)是治疗TSC肿瘤的主要药物，干细胞样肿瘤细胞在体外表现出雷帕霉素耐药，这让研究者联想到这些药物对患者细胞的抑制作用。促血管生成因子midkineﾠ(MDK)在SLS群体中高度表达，并在SLS优势样本中与内皮细胞的富集相关。MDK抑制与雷帕霉素在体内外协同抑制TSC细胞系的生长。综上所述，本研究提示mTORC1高活性的干细胞样状态肿瘤细胞通过免疫抑制，存在一种自分泌雷帕霉素耐药机制和旁分泌肿瘤生存机制。
案例分析（二）
DSP技术+snRNA-seq揭示PDAC在CRT治疗后多层次重构
影响因子：41.307；发表时间：2022.08；发表期刊：Nature Genetics
Bulk方法以及胰腺导管癌的研究都是针对未治疗的病人，对治疗中病人的肿瘤微环境的变化不清楚。CRT治疗是一种无创治疗并且在近年来发展迅速，但CRT治疗的耐药性依然没有有效的治疗策略。此研究联合snRNA-seq+DSP技术对胰腺导管癌未治疗和CRT治疗后的组织进行分析，发现CRT治疗诱导了恶性细胞和成纤维细胞表型的转变，根据两种细胞的基因表达程序构建了能够有效预测PDAC预后效果的分子分型，并结合空间转录组技术揭示了CRT治疗引起PDAC发生耐药的机制，为不同的耐药治疗策略提供依据。
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