ATAC-seq分析

ATAC-seq（Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing）是使用高通量测序对 Tn5 转座酶可接近的核染色质区域进行测序分析的一种研究技术；该技术由美国斯坦福大学的研究人员开发，2013 年首次发表在 Nature Methods（Buenrostro et al., 2013）。通过转座酶对特定时空下开放的核染色质区域进行切割，获得在该时空下基因组中所有活跃转录的调控序列。
ATAC-seq 技术可以进行样本之间差异的染色质开放位点的比较，通常并不单独使用。作为检测表观遗传-染色质开放状态现象的方式，与样本基因表达谱紧密相连，从靶标基因的表观状态关联到表达水平，具有强大的数据挖掘作用。此外，通过关联基因组、外显子，染色质免疫共沉淀（组蛋白修饰或转录因子结合）测序信息，形成： 表观调控-基因组-基因表达的完整调控链。

技术优势： 1.常量样本至少需要5万个细胞，微量样本低至100个细胞（适用于稀有样本） 2.技术重复性好，成功率高 3.实验步骤简单，周期短 4.获得信息量大（全基因组开放染色质区域）

物种经验： 1.多物种：多种动植物、模式生物和非模式生物 2.多器官组织类型：健康器官、疾病模型组织 3.多样品类型：新鲜、冻存、固定

研究应用： 1.染色体开放性图谱绘制(所有物种适用) 2.胚胎发育表观遗传修饰(胚胎学发育研究) 3.肿瘤发生表观机制研究(肿瘤标记及病理研究) 4.疾病潜在标志物的预测(病理及生物标记) 5.肿瘤异质性或分型研究(肿瘤分型与微环境研究) 6.作物表观修饰差异研究(包括水稻、玉米、小麦等)。

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