BSA性状定位

产品简介
针对目标性状，选择表型极端的子代混池和亲本进行全基因组重测序，筛选与性状紧密连锁的SNPs，获得混池间SNP候选区间，可以进行目的基因的快速、精细定位。  

产品优势
全基因组水平标记密度
最广泛的标记种类
最精细的定位结果

技术路线


结果展示
样品间SNP统计
SNP及InDel是基因组上常见的遗传标记，具有数量多、多态性丰富的特点，采用GATK软件进行样本SNP和InDel的检测，变异位点注释使用SnpEff软件。左图为不同样本间共有和特有SNP的Venn图展示。

关联分析
根据亲本和混池的SNP及Indel标记，利用SNP/InDel-Index和ED分析方法同时进行标记与性状的关联分析，最后会对SNP与Indel两类标记通过2种关联算法得到的候选区间进行overlap分析，获得共有的定位区间作为定位结果。

候选区域内基因GO注释
应用BLAST软件对候选区间内的编码基因进行功能数据库的深度注释，进一步缩小关联区域，快速筛选候选基因。左图是基于Go数据库进行注释的结果。

候选区域内SNP中的基因COG注释分析
利用COG数据库可以对基因产物进行直系同源分类。在不同的功能类中，基因所占比例多少反映不同时期和环境下代谢或者生理偏向等内容，可以结合研究对象在各个功能类的分布作出科学的解释。

样品间结果可视化在染色体上的分布(SNP)
将样品的变异结果及BSA关联分析结果使用circos软件作图，可以清晰地展示出来。

常见问题
Q1：在做BSA性状定位时，DNA样品如何混池？
A：可以先提DNA后再等量混合，这样可以减少系统误差，多数文献报道都是先提DNA后再进行等量混合。

Q1：在做BSA性状定位时，混池规模多少比较合适？
A：对于数量性状定位的混池，一般建议混池规模为群体大小的5%-10%。不同的测序策略，混池规模也会有略微的差异，重测序BSA最低30个以上。混池规模越大，定位的效果会越好。

Q3：BSA没有亲本可以做吗？
A：可以做的，针对没有亲本的混池，可以采取ED的方法进行关联分析。



 

北京果壳生物科技有限公司， 专注多组学与分子检测技术的研究和应用。公司成立于2017年，创始团队深耕基因检测领域，历任著名科研机构和上市公司骨干岗位。
公司在北京设有分子研发中心，占地面积约1500㎡，搭载Illumina iScan、NovaSeq 6000、10x Genomics、MassARRAY、KASP等中、高通量检测平台，为科研客户提供多组学研究的综合性解决方案。2020年，公司在成都建立临床医学检验所，具备临床基因扩增检验资质，占地面积约5000㎡，为西南地区较大的实验基地之一。拥有大规模基因组信息检测、数据分析能力，标准的质量控制流程，能够有效支撑临床实践过程中的检测项目实施需求。
果壳生物的基因芯片平台处于业内领先地位。公司先后自主研发ASA-CHIA芯片和GUOKE 50K芯片，广泛应用于科研队列研究和遗传病筛查领域，大大降低了分子诊断技术在终端的使用成本，目前检测能力高达10000例样本/周。
果壳生物目前已累计服务全国300余家科研院所、三甲医院，完成50万余份样本的基因检测工作，与全球近20位分子诊断领域的顶尖科学和医学专家建立深度合作，横跨基础研究、出生缺陷防控、个体化基因检测等多个领域，致力于让领先的基因组学检测技术发挥更大的应用价值。

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