全基因组甲基化

产品简介
全基因组甲基化测序（Whole-genome bisulfite sequencing，WGBS）被视为甲基化测序的“金标准”，通过重亚硫酸盐处理方法和高通量测序相结合，获得有参考基因组物种全基因组范围内所有C位点的甲基化水平，从而构建精细的全基因组DNA甲基化水平图谱。

产品优势
1、精准、高效定位单碱基甲基化位点，甲基化测序的金标准
2、获得全基因组甲基化的C位点，精确绘制全基因组甲基化图谱
3、适用于所有具有参考基因组的物种      
4、相对于传统BSP或MSP方法，性价比高，费用少

技术路线


结果展示
全基因组甲基化位点的分布
针对每个样本中不同类型甲基化位点在全基因组上的比例作饼图，由图可知，CG、CHH和CG类型甲基化位点在样本中所占的比例不同。

C位点甲基化水平分析
不同物种或不同细胞间，甚至同一物种，不同分布类型的C 碱基( CG、CHG和CHH )都存在差异。对每种类型 ( CG、CHG和CHH ) C碱基甲基化水平的分布进行统计。

功能区域甲基化水平分布
根据甲基化位点在参考基因组上的位置以及参考基因组上的基因位置信息，统计每个样本的基因组功能元件的平均甲基化水平。

DMR甲基化水平聚类热图
聚类分析有助于分析不同样本间的相关性和差异趋势。根据差异甲基化区域的平均甲基化水平绘制聚类热图，展示组合间差异甲基化情况，其中横向为不同的比较组合，纵向为DMR甲基化水平以及聚类结果。

DMR相关基因注释
通过BLAST将DMR关联基因与GO，COG，KEGG等功能数据库比对，得到这些基因的注释，挖掘与表型性状相关的基因，DMR关联基因COG分类统计如图所示。


常见问题
Q1：WGBS对于物种有什么要求？
A:适用于有完善注释参考基因组的真核物种。

Q2:WGBS推荐数据量多少？需要设置生物学重复吗？
A:一般建议测序数据量至少为30×基因组大小，生物学重复建议3个以上。

Q3:所有的甲基化位点都发生在CG/CHG/CHH contexts 吗？ 还有没有其他的分类？
A:大多数甲基化文献都是以这三种contexts作为甲基化发生位置的分类指标，由于H 代表A/C/T，故 CG/CHG/CHH 或者CG/non-CG methylation 可以表示所有的甲基化位点；由于不同的序列类型甲基化的产生、维持、作用机制可能存在一些差别，这也是使用3种序列环境分别分析的原因。
 

北京果壳生物科技有限公司， 专注多组学与分子检测技术的研究和应用。公司成立于2017年，创始团队深耕基因检测领域，历任著名科研机构和上市公司骨干岗位。
公司在北京设有分子研发中心，占地面积约1500㎡，搭载Illumina iScan、NovaSeq 6000、10x Genomics、MassARRAY、KASP等中、高通量检测平台，为科研客户提供多组学研究的综合性解决方案。2020年，公司在成都建立临床医学检验所，具备临床基因扩增检验资质，占地面积约5000㎡，为西南地区较大的实验基地之一。拥有大规模基因组信息检测、数据分析能力，标准的质量控制流程，能够有效支撑临床实践过程中的检测项目实施需求。
果壳生物的基因芯片平台处于业内领先地位。公司先后自主研发ASA-CHIA芯片和GUOKE 50K芯片，广泛应用于科研队列研究和遗传病筛查领域，大大降低了分子诊断技术在终端的使用成本，目前检测能力高达10000例样本/周。
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