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采用各种技术手段将待检测的目标区域富集之后，进行高通量测序的研究策略。
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扩增子测序
目标基因测序是指采用各种技术手段将待检测的目标区域富集之后，进行高通量测序的研究策略。根据目标基因筛选的方法可分为液相杂交捕获和扩增子测序两大类型。
1、扩增子测序
技术流程：
技术优势：
应用：
我们的优势：
Fig. Amplicon Sequencing identifies hot-spot mutations in CRC metastases.
文献出处：Betge J et al. Plos one 2015 DOI:10.1371/journal.pone.0127146
代表案例2：利用扩增子测序对肿瘤ctDNA携带的肿瘤特征somatic突变进行检测和监控
l 设计了48对引物去扩增TP53，EGFR，BARF，KRAS等癌症相关基因的5995bp突变区域 <!--[if !supportLists]-->l <!--[endif]-->同时可对10个特异的癌症突变位点进行监控 <!--[if !supportLists]-->l <!--[endif]-->用于监控癌症患者的肿瘤动态发展
文献出处：Tim Forshew et al. Sci Transl Med 2012(4): 136-68
| 液相杂交捕获 | 扩增子测序 | |
| 富集策略 | 探针杂交 | 多重PCR |
| 适用范围 | 目标区域>100k | 目标区域<100k |
| 检测变异类型 | SNP、大片段Indels、融合基因、扩增等。 | SNP、小片段Indels、扩增等 |
| 样本起始量 | 中（200ng） | 低（10ng） |
| 优势 | 发现更多新的从未报道过的SNP、融合Fusion、大片段Indels等。 | 发现更低频(低于0.1%)的突变，适用于ctDNA的研究 |
| 制约因素 | 探针捕获效率 | panel扩增均一性 |
1、扩增子测序
原理：先设计感兴趣的基因组区域的引物，通过多重PCR扩增，将目标区域DNA富集后进行高通量测序的研究策略。通常用于扩增区段较少（<100k）的情况。
技术流程：
技术优势：
目标区域小，使测序成本显著降低，测序深度可高达到10000X（常规全基因组测序为30X），可发现很低频的突变信息。
可选panel：包括现成产品（适合不同肿瘤的基因组合）和自主定制两种
| Panel类型 | 50-gene | 8-gene | 20-gene | BRCA1/2 | 自主定制 |
| 适用肿瘤 | 所有肿瘤 | 所有肿瘤 | 8种肿瘤 | 乳腺癌 | 所有肿瘤 |
| 覆盖区域 | 热点突变区 | 常见的药物作用靶点区 | 全外显子区 | 全外显子区 | |
| 扩增子数目 | 207 | 41 | 100 | ||
| Panel大小 | 40K | 3K | 60K | 24K |
应用：
| panel名称 | 适合肿瘤 | 适用样本 | 应用 |
| 50-gene panel 8-gene panel 自主定制 |
所有肿瘤 | FFPE | 比较不同类型肿瘤组织DNA水平的差异，探寻与转移、治疗反应、不同癌种等相关的分子标志物。 |
| 血浆 （ctDNA） |
从ctDNA直接检出肿瘤特征的低频体细胞突变，应用于肿瘤的早期筛查、晚期患者的病程监测、个体化治疗的疗效评估等。 | ||
| 20-gene panel | 8种常见肿瘤 | FFPE | 比较肿瘤组织和正常组织DNA水平的差异，寻找肿瘤组织的体细胞突变 |
| BRCA1/2 panel | 乳腺癌 | 全血 | 寻找两个乳腺癌易感基因上存在的有害胚系突变 |
我们的优势：
1)游离DNA纯化技术能有效去除基因组DNA污染，使定量更准确；
2)扩增子生成技术提高了扩增子生成的均一性，降低测序成本；
3)低频突变生物分析技术能有效在背景中检出相关低频突变。
代表案例1：利用扩增子测序对结直肠癌患者FFPE样本进行热点突变检测
代表案例1：利用扩增子测序对结直肠癌患者FFPE样本进行热点突变检测
Fig. Amplicon Sequencing identifies hot-spot mutations in CRC metastases.
代表案例2：利用扩增子测序对肿瘤ctDNA携带的肿瘤特征somatic突变进行检测和监控
l 设计了48对引物去扩增TP53，EGFR，BARF，KRAS等癌症相关基因的5995bp突变区域 <!--[if !supportLists]-->l <!--[endif]-->同时可对10个特异的癌症突变位点进行监控 <!--[if !supportLists]-->l <!--[endif]-->用于监控癌症患者的肿瘤动态发展
文献出处：Tim Forshew et al. Sci Transl Med 2012(4): 136-68
手机版：扩增子测序
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