全基因组甲基化测序服务

 

• 全基因组甲基化测序

DNA甲基化对生命活动非常重要，是基因调控的手段之一。DNA的甲基化状态对染色体的结构维持、X染色体失活、基因印记以及胚胎发育、正常细胞功能维持，乃至疾病、癌症发生都是十分重要的。全基因组甲基化测序是将重亚硫酸盐（Bisulfite）处理方法和Illumina高通量测序相结合，对有参考基因组信息的物种进行全基因组范围内的甲基化水平的测序。全基因组甲基化可以精确到单碱基分辨率，精确分析每一个C碱基的甲基化状态，从而构建全基因组甲基化图谱。全基因组重亚测序达到全基因组覆盖, 是研究甲基化水平的“金标准”。
全基因组甲基化测序结合了亚硫酸氢盐转化（bisulfite conversion）方法与新一代高通量测序技术，可在单碱基分辨率水平上高效地检测全基因组DNA甲基化状态。亚硫酸氢盐处理可以使DNA中未发生甲基化的胞嘧啶脱氨基转变成尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶保持不变，PCR扩增所需片段，则尿嘧啶全部转化成胸腺嘧啶。对 PCR产物进行高通量测序，与参考序列比对，即可判断CpG/CHG/CHH位点是否发生甲基化。
甲基化测序的优势

• 可发现整个基因组中所有CpG、CHH和CHG区域的甲基化模式
• 能以少量的DNA捕获全面的样品多样性
• 能查看大多数物种基因组中几乎每个胞嘧啶的甲基化
   

许多方法利用NGS的高质量和灵敏度来进行甲基化分析。大多数方法依赖于DNA的重亚硫酸盐转化来检测未甲基化的胞嘧啶。在文库制备过程中，重亚硫酸盐将未甲基化的胞嘧啶转化成尿嘧啶。转化后的碱基在测序中被识别为胸腺嘧啶（PCR后），并通过序列计数来确定甲基化胞嘧啶的比例。
重亚硫酸盐转化测序可通过靶向方法完成，如扩增子甲基化测序（Methyl-seq），或全基因组重亚硫酸盐测序（WGBS）。此外，TAB-Seq和OxBS等替代方法也利用NGS来鉴定羟甲基化（5-hmC）并开展甲基化（5-mc）分析。

全基因组甲基化测序实验路线

全基因组甲基化测序技术路线

全基因组甲基化测序样品要求（基因组DNA）
 

• 样品纯度：OD 260/280值应在1.8～2.0 之间； RNA 应去除干净；
• 样品浓度：最低浓度不低于50ng/µl；
• 样品总量：每个样品总量不少于6µg；
• 样品溶剂：应溶解在H20或TE (pH 8.0)中；
• 样品运输：DNA低温运输（-20℃）；在运输过程中用parafilm将管口密封好，以防出现污染。

全基因组甲基化测序数据分析展示

             图：甲基化位点频率的染色体分布。

                      图：全基因组基因平均甲基化程度分布展示。

  图：甲基化位点分布与CpG岛的位置关系。

                                       图：样本染色体甲基化程度分布。
 

深圳中科普瑞基因科技有限公司，由基因科技领域的老兵组成的新军。企业创始人与核心骨干团队均从事该行业15年以上，目前着力布局基因检测的临床应用开发与科研技术服务平台。

中科普瑞下设全资子公司上海鲸舟基因科技有限公司/上海鲸舟医学检验所；立足新一代测序及其衍生技术，以医学生物信息学为核心，以各联合创始人在生物技术领域十余年工作和技术积累为资源依托，提供覆盖肿瘤等重大疾病风险评估，早期筛查，分子病理诊断，用药指导和预后预测，甲基化研究和应用、新型病原微生物感染和耐药的基因组检测等符合临床需求的解决方案，同时通过资本的纽带连接，打通上下游产业链，为精准医疗打造全方位医学诊断和服务平台，公司的中长期发展策略为医学大数据挖掘和人工智能的临床辅助诊断应用，公司的愿景是为每一个病患打造精准医疗路线图，为每一个健康人描绘基因风险预测全景，携带你的基因去远行！

公司以深圳及上海两地实验室为依托，目前已诚意推出两大品牌产品：分别为面向大众健康服务的“轻基因LightGenes”及针对临床诊疗服务的“普瑞昂科PrecisionOnco”，向国内外生物医学领域提供肿瘤等疾病用药指导及预后预测基因检测、重大疾病遗传风险评估、及符合临床需求的解决方案。