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泛素化是指泛素分子在一系列特殊的酶作用下，将细胞内的蛋白质分类，从中选出靶蛋白分子，并对靶蛋白进行特异性修饰的过程。
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蛋白泛素化修饰（Ubiquitination）常伴随泛素-蛋白酶体降解，引起蛋白稳定性变化，参与增殖凋亡、内吞、免疫等各种生物调控过程。其发生过程是通过一个三酶级联 (E1-E2-E3)反应，使得单或多个泛素分子连接到蛋白氨基酸（Lys）侧链上，并常伴随蛋白酶体降解，调控蛋白表达水平变化。发生泛素化修饰的赖氨酸共价连接泛素分子，即两个甘氨酸K-ε-GG残基，使分子量产生114.1 Da的质量偏移。利用质谱可准确测定分子量是否发生114.1Da的质量偏移，从而检测泛素化修饰肽段及位点。 4D-label free泛素化蛋白组学是基于timsTOF Pro质谱仪，通过数据依赖性采集-同步累积连续碎裂（ddaPASEF）扫描模式进行泛素化差异蛋白质组学分析。4D-label free修饰组，利用了离子淌度分离，能根据分子的形状、截面积属性，可有效区分修饰同分异构多肽，极大提高修饰的鉴定深度，以更少上样量、更快扫描速度，实现蛋白质组学在覆盖深度、灵敏度、通量方面的全面性提升。
▶ 感染与免疫研究；
▶ 衰老再生及退行性疾病。
| 标准数据分析内容 | |
| 蛋白质总鉴定数量分析 | 蛋白鉴定与定量结果统计、韦恩图分析、差异结果数量统计、火山图、聚类热图 |
| 蛋白质功能分析 | 亚细胞定位、结构域分析、motif分析、GO功能分析、KEGG通路分析、互作网络分析 |
| 质量控制分析 | 肽段相对分子质量分布、肽段序列长度分布 |
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1.Genome-wide identification of U-box genes and protein ubiquitination under PEG-induced drought stress in potato. 2021. Physiologia Plantarum. (IF 4.50) 【客户文献】
Label free泛素化蛋白组学协助研究马铃薯抗干旱胁迫分子机制
2.Proteomic Analysis of Ubiquitinated Proteins in Rice (Oryza sativa) After Treatment With Pathogen-Associated Molecular Pattern (PAMP) Elicitors. 2019. Frontiers in Plant Science. (IF 5.753) 【客户文献】
Label free泛素化蛋白组学助力水稻防御机制研究
3.Rewiring of the ubiquitinated proteome determines ageing in C. elegans. 2021. Nature.(IF 49.962)
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